两个单位签订协议，由1家单位投标，100万以上通常是需要进行招投标的。在我国，对于工程建设项目的招投标有严格的规定，以下是对此问题的详细分析：

1. 招投标法律规定：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，以及《工程建设项目招标范围和规模标准规定》，明确了必须进行招标的工程建设项目的范围和规模标准。
   • 一般来说，施工单项合同估算价在200万元人民币以上的，或者重要设备、材料等货物的采购，单项合同估算价在100万元人民币以上的，都需要进行招标。

2. 特定情况下的例外：

   • 虽然有上述规定，但也存在一些特定情况下的例外，如涉及国家安全、国家秘密、抢险救灾或者属于利用扶贫资金实行以工代赈、需要使用农民工等特殊情况，可能不需要进行招标。
   • 另外，如果项目采用了特定的采购方式，如政府采购中的单一来源采购，也可能不需要进行公开的招投标。

3. 协议约定的效力：

   • 两个单位之间签订的协议，如果违反了上述关于招投标的法律规定，那么该协议中的相关条款可能是无效的。
   • 即使协议中约定了由1家单位投标，但如果项目达到了必须进行招标的规模和标准，那么仍然需要按照法律规定进行招投标。

4. 实际操作的建议：

   • 在实际操作中，如果两个单位想要合作进行工程建设，且项目规模达到了必须进行招标的标准，那么建议按照法律规定进行招投标。
   • 如果对招投标流程不熟悉，或者对法律规定有疑问，可以咨询专业的律师或者招投标代理机构，以确保项目的合法性和顺利进行。

综上所述，两个单位签订协议，由1家单位投标，如果项目规模达到了必须进行招标的标准和范围，那么通常是需要进行招投标的。如果对此有疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。