工程中存在一包二包三包（即层层转包）的行为，通常属于违法行为，具体处理方式需根据违法情节和造成的后果来决定。以下从多个角度进行详细分析：

1. 违法性分析

   • 法律依据：根据《中华人民共和国建筑法》第二十八条，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，也禁止承包单位将其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人。同时，《招标投标法》第四十八条也明确规定，中标人不得向他人转让中标项目，也不得将中标项目肢解后分别向他人转让。
   • 违法情形：一包二包三包，即原始承包商（一包）将工程转包给第二个承包商（二包），二包再转包给第三个承包商（三包），这种层层转包的行为，显然违反了上述法律规定。

2. 法律后果

   • 行政处罚：对于违法转包的行为，建设行政主管部门有权责令改正，没收违法所得，并处罚款。具体罚款数额根据违法情节的严重程度和造成的后果来决定，可能达到工程合同价款的一定比例。
   • 民事责任：如果因转包导致工程质量问题或安全事故，原始承包商（一包）可能需要承担连带赔偿责任。这意味着，即使一包已经将工程转包出去，但如果二包或三包在施工过程中出现问题，一包仍可能被追究法律责任。
   • 刑事责任：在极端情况下，如果转包行为导致了严重的后果，如重大安全事故或重大经济损失，相关责任人员还可能面临刑事责任的追究。

3. 处理方式

   • 立即停止违法行为：一旦发现存在层层转包的行为，应立即停止这种违法行为，避免进一步的法律风险和损失。
   • 整改与补救：对于已经转包的工程部分，应尽快与合法的分包商或施工单位签订新的合同，确保工程的合法性和质量。同时，对已经造成的损失进行评估和补救。
   • 接受行政处罚：如果已经被建设行政主管部门查处，应积极配合调查，接受相应的行政处罚，并按照要求进行整改。
   • 法律诉讼与维权：如果因转包行为引发了法律纠纷或诉讼，应积极应诉，维护自己的合法权益。同时，也可以考虑通过法律途径追究其他责任方的法律责任。

4. 预防措施

   • 加强合同管理：在签订工程合同时，应明确禁止转包行为，并约定相应的违约责任和赔偿条款。
   • 严格审查分包商资质：在选择分包商时，应严格审查其资质和信誉，确保分包商具备承担相应工程的能力和条件。
   • 加强现场监管：在施工过程中，应加强对现场的监管力度，确保工程按照合同要求和规范进行施工，防止出现质量问题或安全事故。

建议您：在工程承包和施工过程中，务必遵守相关法律法规和合同约定，避免出现层层转包等违法行为。如果遇到相关法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。