结论：退货时厂家能否扣手续费，需根据具体情况判断，主要看合同约定、退货原因及法律规定。以下从不同角度详细分析：
一、合同有约定的情况
如果货物买卖合同中明确约定了退货时需要扣除手续费，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么厂家在退货时扣除手续费是合法的。这是因为合同是双方意思表示一致的产物，对双方均具有约束力。例如，合同中可能约定：“若买方因自身原因要求退货，需向卖方支付退货手续费，手续费为货物总价的5%。”在这种情况下，买方在退货时就需要按照合同约定支付手续费。
二、合同无约定，但退货原因在买方的情况
如果合同中没有明确约定退货时是否需要扣除手续费，但退货是由于买方的原因造成的，如买方选错商品、买方改变主意等，那么厂家在退货时扣除一定的手续费可能是合理的，但这种合理性需要基于公平原则和行业惯例来判断。如果厂家扣除的手续费过高，或者没有合理的依据，那么这种扣除可能构成不公平的交易行为，买方有权提出异议。例如，如果厂家扣除的手续费明显高于其处理退货的实际成本，或者行业内普遍不扣除此类手续费，那么买方可以认为厂家的扣除行为不合理。
三、合同无约定，且退货原因在卖方的情况
如果合同中没有明确约定退货时是否需要扣除手续费，且退货是由于卖方的原因造成的，如商品存在质量问题、卖方发错货等，那么厂家在退货时扣除手续费是不合法的。因为根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因出卖人的过错导致买受人退货的，出卖人应当承担买受人因此所受到的损失，包括退货产生的费用等。在这种情况下，厂家不仅不能扣除手续费，还可能需要承担买方因退货而产生的其他合理费用。
四、法律规定的特殊情况
除了上述基于合同和退货原因的分析外，还需要考虑法律规定的特殊情况。例如，如果商品属于消费者权益保护法规定的“三包”范围（即包修、包换、包退），且在“三包”期限内，那么消费者在退货时通常不需要支付手续费。此外，如果厂家在销售时承诺了无理由退货，且退货时商品保持完好，那么厂家也不应扣除手续费。
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