监理合同中要求专业监理工程师必须有注册证，这一要求通常是合法的。以下从多个角度进行分析：

一、法律法规依据

1. 《中华人民共和国建筑法》：该法规定了从事建筑活动的专业技术人员，应当依法取得相应的执业资格证书，并在执业资格证书许可的范围内从事建筑活动。监理工程师作为建筑活动中的专业技术人员，其执业资格受到法律的严格规范。
2. 《注册监理工程师管理规定》：该规定明确指出，国家对监理工程师实行执业资格注册管理制度，取得资格证书的人员，经过注册方可以注册监理工程师名义执业。这进一步强调了监理工程师必须持有注册证才能从事相关工作的法律要求。

二、合同自由原则与合法性审查

1. 合同自由原则：在民事法律关系中，合同双方有权根据自身的需求和意愿，在法律允许的范围内自由约定合同条款。监理合同中要求专业监理工程师必须有注册证，可以视为双方对监理工程师资质的一种特别约定。
2. 合法性审查：虽然合同双方享有合同自由，但这种自由并非无限制的。合同条款必须符合法律法规的强制性规定，否则将被视为无效。在监理合同中要求专业监理工程师必须有注册证，这一要求并不违反法律法规的强制性规定，因此是合法的。

三、实际操作的合理性

1. 保障工程质量：监理工程师在工程建设中扮演着至关重要的角色，他们负责监督施工过程，确保工程质量符合相关标准和要求。要求监理工程师持有注册证，可以确保他们具备相应的专业知识和技能，从而更好地履行监理职责，保障工程质量。
2. 规范市场秩序：通过要求监理工程师持有注册证，可以规范监理市场秩序，防止无资质或低资质的人员进入监理市场，从而维护市场的公平竞争和健康发展。

四、可能存在的例外情况

虽然监理合同中要求专业监理工程师必须有注册证通常是合法的，但也存在一些例外情况。例如，在某些特定情况下，可能由于政策调整、法规变更或特殊项目需求等原因，导致某些具备丰富经验和专业技能但尚未取得注册证的人员被允许从事监理工作。然而，这种情况通常需要得到相关部门的特别批准或认可，并且并不构成对监理合同中注册证要求的普遍性否定。

建议：在签订监理合同时，双方应明确约定监理工程师的资质要求，包括是否需要持有注册证等。同时，双方也应了解并遵守相关法律法规和政策规定，确保合同的合法性和有效性。如果在实际操作中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。