投标文件要求注册安全工程师是合法的。这一要求主要基于国家法律法规的强制规定以及项目安全管理的实际需求。以下是对这一要求的详细解释：

一、法律法规依据

1. 《安全生产法》：该法明确规定了在某些高风险行业（如建筑施工、危化品、矿山等）中，企业必须配备注册安全工程师，以确保生产过程中的安全。
2. 《注册安全工程师管理规定》：此规定进一步细化了注册安全工程师的配备要求、职责范围以及管理规范，为招标文件中提出相关要求提供了明确的法律依据。

二、招标文件要求注册安全工程师的合理性

1. 满足资质门槛：部分招标文件将注册安全工程师的配置作为投标资格的前置条件。这是为了确保投标企业具备基本的安全管理能力，降低项目执行过程中的安全风险。
2. 提升技术标评分：注册安全工程师可主导编制投标文件中的安全管理方案、应急预案、风险评估报告等，确保内容的专业性和合规性。这有助于提升企业在技术标评审中的竞争力。
3. 商务标加分项：许多招标评分标准中，注册安全工程师的数量或资质等级会被列为评分项。这体现了招标方对安全管理能力的重视，也为企业提供了额外的加分机会。
4. 保障投标文件的合规性：注册安全工程师可协助提供安全生产标准化证书、安全业绩证明等文件，确保投标文件的完整性和合规性，避免因材料缺失导致废标。
5. 降低履约风险：在投标阶段，注册安全工程师能够识别项目潜在的安全风险，并提出针对性措施。这有助于降低中标后因安全事故导致的罚款、停工甚至合同终止的风险。

三、实际案例

1. 某建筑企业投标地铁施工项目：该企业最初因技术标中安全风险分析不专业而被扣分。后来，他们聘请了注册安全工程师完善方案，最终成功中标。这一案例充分说明了注册安全工程师在投标过程中的重要作用。
2. 某化工企业投标资格预审被淘汰：该企业因未配备注册安全工程师，在投标资格预审阶段就被直接淘汰。这进一步证明了注册安全工程师在某些行业中的不可或缺性。

综上所述，投标文件要求注册安全工程师是合法的，并且这一要求对于确保项目安全、提升投标竞争力以及降低履约风险都具有重要意义。企业应根据项目类型和招标要求，合理配置注册安全工程师资源，以确保投标全流程的合规、专业和高效。