在运输合同中，承运人在符合法定条件下可以行使留置权，以保障自身权益不受损害。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，特别是第四百四十七条和第八百三十六条，债务人不履行到期债务时，债权人（承运人）可以留置已经合法占有的债务人的动产（运输货物），并有权就该动产优先受偿，但当事人另有约定的除外。这为承运人行使留置权提供了明确的法律依据。
二、行使留置权的条件
合法占有货物：
- 承运人必须基于运输合同关系合法占有托运人交付的货物。这是行使留置权的基础条件，确保承运人对货物的占有是合法且有权力的。
债权已届清偿期：
- 托运人或收货人未按照运输合同的约定支付运费、保管费或其他相关费用，且这些费用已到支付期限。只有债权到期未获清偿，承运人才有权行使留置权。
留置货物与债权的关系：
- 一般情况下，留置的货物应与未支付的运费等债权属于同一运输合同关系。但企业之间的运输合同除外，即使留置的货物与债权不属于同一法律关系，只要符合其他留置权行使条件，也可以行使留置权。这扩了留置权的适用范围，特别是在企业间的运输合同中。
留置货物的价值相当性：
- 留置的货物价值应当与未支付的费用相当。若运输货物为可分物，留置的部分应相当于债务的金额；若为不可分物，则可以对全部货物进行留置，但在处置时应确保不超出债权的范围。这是为了防止承运人滥用留置权，损害托运人或收货人的合法权益。
三、行使留置权的程序和注意事项
通知债务人：
- 承运人在留置货物后，应及时通知托运人或收货人，明确告知债务金额、履行期限等信息，并给予一定的履行期限（至少六十日以上，鲜活易腐等不易长期保管的动产除外）。这是承运人的法定义务，也是保障托运人或收货人知情权的重要措施。
依法处置留置财产：
- 若债务人在通知规定的期限内仍未履行债务，承运人可以与债务人协议以留置财产折价，或者通过拍卖、变卖留置财产所得的价款优先受偿。剩余部分应返还给债务人。这是承运人实现留置权的主要方式，也是保障自身权益的重要手段。
避免不当行使：
- 承运人在行使留置权时，应避免扣押远超运费价值的货物，以免引发不必要的纠纷和损失。同时，对于特殊性质的货物（如鲜活易腐物品、危险物品等），承运人应采取适当措施进行处理，避免损失扩大。
尊重当事人约定：
- 如果运输合同中明确约定不得留置货物，或者法律对某些特定货物的留置有限制性规定，承运人应遵守合同约定和法律规定，不得行使留置权。这是尊重当事人意思自治和遵守法律法规的重要体现。
四、实际案例与法律建议
实际案例：
假设A公司委托B运输公司运送一批钢材，但A公司拒绝支付运费。在此情况下，B运输公司可以依据运输合同和法律规定，对相应的钢材行使留置权，并通知A公司支付运费及给予一定的履行期限。若A公司在期限内仍未履行义务，B运输公司可以依法处置钢材以弥补损失。
法律建议：
- 对于承运人而言，在签订运输合同时，应明确约定留置权条款，包括留置权的行使条件、程序、处置方式等，以保障自身权益。
- 在行使留置权时，承运人应严格遵守法律法规和合同约定，确保行为合法合规，避免引发不必要的法律纠纷和经济损失。
- 对于托运人或收货人而言，应按时支付运费等费用，避免承运人行使留置权给自己带来不便和损失。若发生纠纷，应积极与承运人协商解决，寻求妥善解决方案。
综上所述，运输合同中承运人在满足一定条件下可以行使留置权，以确保自身权益不受损害。但在行使过程中，必须严格遵守法律规定和合同约定，确保留置权的合法、合理行使。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。