结论：国企公司总经理提出停止发放主要负责人年薪待遇只发基本工资是否合规，需根据具体情况判断，包括劳动合同、公司规章制度、相关法律法规以及总经理提出该决定的合法性和合理性等因素。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同和公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果主要负责人与公司签订的劳动合同中明确规定了年薪待遇，且未约定公司有权单方面停止发放年薪只发基本工资，那么公司总经理的这一决定可能构成违约。
- 反之，如果劳动合同中预留了公司根据经营状况调整薪酬的条款，且调整方式合理合法，那么公司总经理的决定可能在一定程度上具有合法性。
公司规章制度：
- 公司规章制度中如果明确规定了薪酬调整的条件和程序，且总经理的决定符合这些规定，那么该决定可能是合规的。
- 如果规章制度中未规定此类调整，或者规定不明确，那么总经理的决定可能缺乏制度依据，从而引发合规性问题。
二、相关法律法规的角度
《劳动法》和《劳动合同法》：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 如果公司总经理的决定导致主要负责人劳动报酬的减少，且未经过合法程序（如与劳动者协商一致、经过民主程序制定并公示的规章制度等），那么该决定可能违反法律法规。
国有企业特殊规定：
- 国有企业作为特殊主体，其薪酬管理可能受到更多政策性和规范性的约束。例如，国有企业主要负责人的薪酬可能受到国资监管部门的监管，需要符合相关薪酬管理制度和规定。
- 如果总经理的决定违反了这些特殊规定，那么该决定不仅可能不合规，还可能引发更严重的法律后果。
三、总经理提出决定的合法性和合理性的角度
合法性：
- 总经理作为公司的高级管理人员，其决策应当符合法律法规和公司章程的规定。如果总经理的决定缺乏合法依据，如未经董事会或股东会决议、违反公司章程等，那么该决定可能无效。
合理性：
- 即使总经理的决定在形式上符合法律法规和公司规章制度，但如果其决定缺乏合理性，如无正当理由单方面大幅削减主要负责人薪酬，也可能引发劳动争议和合规性问题。
- 合理性评估通常需要考虑公司经营状况、主要负责人工作表现、市场薪酬水平等多种因素。
建议
- 审查劳动合同和公司规章制度：主要负责人应首先审查自己的劳动合同和公司规章制度，了解薪酬待遇的具体规定和调整条件。
- 与公司沟通协商：如果认为总经理的决定不合理或不合规，主要负责人可以与公司进行沟通协商，寻求解决方案。
- 寻求法律援助：如果沟通协商无果，主要负责人可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：国企公司总经理提出停止发放主要负责人年薪待遇只发基本工资是否合规，需根据具体情况判断。在处理此类问题时，建议主要负责人从劳动合同、公司规章制度、相关法律法规以及总经理提出决定的合法性和合理性等多个角度进行综合考虑，并寻求专业法律意见以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。