结论前置：一天上班九小时中间休息一小时，在特殊情况下是否违法，需根据具体情况判断。在标准工时制下，若未经协商且未依法支付加班工资或安排调休，通常视为违法；但在特殊工时制或经合法协商延长工作时间的情况下，可能不违法。以下从多个角度进行分析：
一、标准工时制下的情况
合规情况：
- 若用人单位因生产经营需要偶尔安排劳动者一天工作9小时（含休息时间，实际工作8小时加1小时休息，但此处按工作9小时整体考量），但能保证劳动者每周至少休息1日，同时平均每周工作时间不超过44小时，并且依法支付了加班工资或者安排了调休，这种情况不被认定为违法。不过，通常标准工时制下，每日工作8小时后延长的工作时间应视为加班，需支付加班费或安排调休。若直接安排9小时工作且未支付加班费或调休，则可能违法。
违规情况：
- 如果用人单位经常安排劳动者每天工作9小时（同样含休息时间，但按整体工作时长算），导致劳动者每周工作时间超过44小时，且没有按照法律规定支付相应的加班工资或者安排调休，则违反了劳动法的相关规定。
二、特殊工时制下的情况
不定时工作制：
- 对于因工作性质和工作职责限制，不能受固定时数限制的岗位，如企业中的高级管理人员、销售人员等，可实行不定时工作制。在此制度下，不存在常规意义上的加班概念，因此一天工作9小时（含休息时间）可能是合法的。
综合计算工时工作制：
- 以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超过部分应视为延长工作时间，用人单位需支付加班工资。在此制度下，一天工作9小时（含休息时间，实际工作8小时加1小时休息，但按整体考量）也可能是合法的，但需确保综合计算周期内的总工作时间符合规定。
三、特殊情况下的合法性
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。也就是说，如果经过与工会和劳动者协商，并满足时长限制条件，一天工作9小时（比如原本工作6小时，因特殊原因协商后延长3小时，加上休息时间可能整体为9小时或接近，但此处按延长工作时长算）可能是合法的。但需注意，这里的“一天工作9小时”应理解为实际延长的工作时间加上原本的工作时间，且需确保不超出每月延长工作时间的上限。
四、违法后果
- 用人单位违反规定延长劳动者工作时间的，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可以处以罚款。这体现了法律对劳动者休息权益的保护。
五、建议
- 劳动者应了解自己的权益，如遇超时工作情况，应与用人单位进行协商，并要求依法支付加班工资或安排调休。
- 必要时，可寻求劳动行政部门的帮助以维护自己的合法权益。
- 用人单位也应遵守相关法律法规，合理安排工作时间，保障劳动者的休息权益。
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