该约定在一般情况下是有效的，但具体效力还需结合合同内容、双方真实意思表示以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

约定有效的情形

1. 双方真实意思表示且不违反法律法规
   • 如果合同是双方在平等、自愿、公平的基础上签订的，该关于债权转让后乙方有权拒绝支付合同款项的约定，是双方真实意思的体现。同时，该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该约定是有效的。
   • 例如，甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中明确约定，若甲方将其在合同中的债权转让给第三方，乙方有权拒绝向甲方或第三方支付合同款项。在这种情况下，只要双方签订合同时意思表示真实，且该约定没有违反相关法律法规，该约定就是有效的。
2. 符合合同自由原则
   • 合同自由原则是合同法的基本原则之一，它允许当事人在不违反法律强制性规定的前提下，自由约定合同的内容。因此，只要双方约定的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当尊重当事人的意思自治，认定该约定有效。

约定可能无效或部分无效的情形

1. 违反法律、行政法规的强制性规定
   • 如果该约定违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该约定是无效的。例如，如果合同中约定的债权转让后乙方拒绝支付款项的行为，实际上是为了逃避债务或进行非法活动，那么该约定就可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。
2. 存在欺诈、胁迫等情形
   • 如果一方在签订合同时存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意思的情况下签订了合同，并包含了该约定，那么受欺诈或胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该合同，包括该约定。
3. 约定不明或存在歧义
   • 如果合同中关于债权转让后乙方有权拒绝支付合同款项的约定不明确或存在歧义，导致双方对约定的理解产生争议，那么该约定的效力可能会受到影响。在这种情况下，需要根据合同的其他条款、交易习惯以及诚实信用原则等，对约定的含义进行解释和确定。

法律建议

1. 审查合同内容：在签订合同时，务必仔细审查合同条款，确保所有约定都符合法律法规的规定，并且是双方真实意思的表示。
2. 明确约定债权转让的条件和后果：如果合同中涉及债权转让的条款，应当明确约定债权转让的条件、程序以及转让后各方的权利和义务，以避免产生不必要的纠纷。
3. 及时咨询专业律师：如果你对合同中的约定存在疑问或不确定其效力，建议及时咨询专业律师，以便获得更准确的法律意见和帮助。

在实际操作中，合同条款的效力往往受到多种因素的影响。因此，在签订和履行合同过程中，务必保持谨慎和注意，确保自己的合法权益得到充分保障。如果你有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。