员工是否可以自行拷贝公司文件，这个问题涉及到公司商业秘密的保护以及员工行为的合法性，需要我们从多个角度来详细分析。

首先，从公司商业秘密保护的角度来看，公司文件，特别是那些包含技术秘密、经营策略、客户信息等敏感内容的文件，是公司的重要资产，受到法律的保护。员工在任职期间，虽然可能因工作需要接触到这些文件，但并不意味着他们有权随意拷贝或传播。公司通常会与员工签订保密协议，明确规定员工对接触到的商业秘密负有保密义务，严禁以任何形式泄露或窃取。

其次，从员工行为合法性的角度来看，即使员工没有将拷贝的文件外传或用于非法用途，但未经公司许可擅自拷贝公司文件，仍然可能构成侵权行为。这主要是因为，拷贝行为本身可能破坏了公司对商业秘密的完整控制权，使公司商业秘密信息处于不安全和不稳定状态。此外，如果拷贝的文件中包含有公司的核心机密或敏感信息，那么这种行为还可能对公司造成实质性的损害。

以实际案例为例，有员工在离职前擅自拷贝公司的重要文件，虽然自述已删除且未外传，但公司仍然将其诉至法院，要求赔偿损失。法院在审理此类案件时，通常会考虑拷贝行为是否违反了保密协议、是否对公司造成了实质性损害等因素，来判定员工是否应承担赔偿责任。

因此，员工不可以自行拷贝公司文件，除非得到公司的明确许可或授权。如果员工因工作需要需要拷贝某些文件，应该事先向公司提出申请，并按照公司的规定和流程进行操作。同时，员工也应该时刻牢记自己的保密义务，严格遵守公司的保密规定，保护公司的商业秘密不受侵犯。