结论：在休息日有加班事实但无法核实每天加班时长的情况下，加班费的裁决会依据可证明的加班事实、双方举证责任分配以及可能的合理推断来进行。具体裁决方式需结合实际情况，以下从不同角度进行分析。
一、加班事实的证明
初步证明责任：
- 劳动者需初步证明其在休息日存在加班的事实，这通常可以通过考勤记录、工作邮件、工作聊天记录、同事证言等方式来证明。
- 如果劳动者能提供这些初步证据，即完成了对加班事实的初步证明责任。
加班时长的证明：
- 理想情况下，劳动者应能提供具体的加班时长证据，如详细的考勤记录。但在无法核实每天具体加班时长的情况下，劳动者仍需尽力提供其他能间接证明加班时长的证据。
- 如果劳动者无法提供具体加班时长，但能证明在休息日确实进行了工作，法院或仲裁机构可能会根据案件具体情况，结合行业惯例、工作性质、劳动者的工作强度等因素，进行合理推断。
二、举证责任分配
劳动者的举证责任：
- 劳动者需承担证明加班事实及加班时长的初步举证责任。如果劳动者无法提供具体加班时长，但能证明加班事实的存在，其举证责任并未完全完成，但已为后续的合理推断提供了基础。
用人单位的举证责任：
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》等相关规定，用人单位负有保管劳动者考勤记录等证据的义务。
- 如果用人单位无法提供完整的考勤记录来反驳劳动者的加班主张，或者提供的考勤记录存在瑕疵，用人单位可能需承担不利后果。
三、加班费的裁决方式
基于可证明的加班事实：
- 如果劳动者能证明在休息日存在加班事实，但无法证明具体加班时长，法院或仲裁机构可能会根据案件具体情况，结合双方举证情况，进行合理推断，并据此裁决加班费。
- 例如，如果劳动者能证明在休息日进行了全天工作，但无法证明具体加班了几小时，法院或仲裁机构可能会根据行业惯例或劳动者的工作性质，推断出一个合理的加班时长，并据此计算加班费。
基于双方协商或调解：
- 在劳动争议处理过程中，双方也可以协商或调解确定加班费的数额。这种方式更加灵活，可以根据双方的实际情况和意愿进行协商，达成一致意见后，法院或仲裁机构会尊重双方的协商结果。
基于法院或仲裁机构的自由裁量权：
- 在无法准确核实加班时长的情况下，法院或仲裁机构可能会根据案件的具体情况，行使自由裁量权，裁决一个合理的加班费数额。这种裁决方式会综合考虑劳动者的加班事实、工作性质、工作强度、行业惯例以及用人单位的举证情况等因素。
四、建议
- 劳动者：在休息日加班时，应尽量保留好相关证据，如考勤记录、工作邮件、工作聊天记录等，以便在后续争议中证明自己的加班事实及加班时长。如果无法保留具体加班时长的证据，也应尽力提供其他能间接证明加班时长的证据。
- 用人单位：应完善考勤管理制度，确保考勤记录的完整性和准确性。同时，在劳动争议处理过程中，应积极配合法院或仲裁机构的调查取证工作，提供完整的考勤记录等证据。
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