在您遭受第三人侵权并同时符合工伤认定条件的情况下，您确实有权在获得侵权赔偿后，继续申请工伤赔偿。这两种赔偿是基于不同的法律关系，因此并不冲突，您可以兼得部分赔偿项目，但对于医疗费用，我们需要遵循“填平原则”。下面我将为您详细解释这一流程和相关注意事项。

一、法律依据与赔偿原则

首先，根据《中华人民共和国社会保险法》第四十二条的规定，如果因第三人原因造成工伤，且第三人不支付或无法确定时，工伤保险基金会先行支付，并有权向第三人追偿。这为您在获得侵权赔偿后申请工伤赔偿提供了法律支持。

在赔偿原则上，我们需要注意两点：

1. 兼得模式：除了工伤医疗费用外，您在获得侵权赔偿（如残疾赔偿金）后，仍然可以主张其他工伤赔偿项目，如一次性伤残补助金、伤残津贴等。这些赔偿项目是基于不同的法律关系和赔偿目的，因此您有权同时主张。

2. 补充模式（医疗费用）：对于工伤医疗费用，我们遵循“填平原则”。这意味着，如果您已经从侵权人那里获得了全部的医疗费用赔偿，那么工伤保险基金或用人单位就不需要再支付这部分费用。如果侵权人支付的费用不足，那么工伤保险基金会补足差额。

二、申请流程

接下来，我为您介绍一下申请工伤赔偿的具体流程：

1. 工伤认定申请：

   • 在事故伤害发生或被诊断为职业病后的30日内，您的所在单位需要向统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果情况特殊，这个时限可以适当延长。
   • 如果您的单位没有按照规定提出申请，那么您或您的近亲属、工会组织可以在事故伤害发生或被诊断为职业病之日起的1年内，直接向社会保险行政部门提出申请。

2. 劳动能力鉴定与赔偿待遇：

   • 一旦您的工伤被认定，接下来需要进行劳动能力鉴定。这个鉴定将确定您的伤残等级，从而决定您应该获得哪些工伤赔偿待遇。

三、注意事项

在处理这类问题时，我有几点建议给您：

• 详细咨询专业律师或机构：由于这类问题涉及法律关系和赔偿原则较为复杂，我建议您在处理过程中详细咨询专业律师或相关机构，以确保您的合法权益得到充分保障。

• 保留好相关证据：无论是侵权赔偿还是工伤赔偿，都需要您提供相关的证据来支持您的申请。因此，请务必保留好所有与事故相关的医疗记录、费用单据、工伤认定决定书等文件。

• 按照法定程序进行申请：在申请工伤赔偿时，请务必按照法定程序进行，不要错过任何关键的时限或步骤。

综上所述，侵权赔偿与工伤赔偿是基于不同法律关系获得的两种赔偿，它们并不冲突。您在遭受第三人侵权并符合工伤认定条件时，有权分别申请并获得相应的赔偿。在处理过程中，请务必遵循法定程序，并咨询专业人士以确保您的权益得到妥善维护。