结论前置：交通事故后保险公司在赔偿时全部扣除垫付款是否合理，需分情况讨论，具体如下：
若保险公司垫付的款项属于其应承担的赔偿范围：
- 在这种情况下，保险公司在最终赔偿时全部扣除垫付款是不合理的。因为垫付款本身就是为了先行解决受害者的紧急需求或医疗费用等，其性质属于保险公司应承担的赔偿责任的一部分。如果保险公司全部扣除，就相当于没有实际履行其赔偿责任，这违反了保险合同的约定和保险法的相关规定。
- 举例来说，如果受害者因交通事故受伤需要紧急医疗救治，保险公司先行垫付了医疗费用。在后续的赔偿过程中，保险公司应该将这部分垫付款计入其应赔偿的总金额中，而不是全部扣除。如果保险公司试图全部扣除，受害者有权通过法律途径维护自己的合法权益。
若保险公司垫付的款项超出了其应承担的赔偿范围：
- 在这种情况下，保险公司在赔偿时扣除超出部分的垫付款是合理的。因为保险公司只承担其合同约定的赔偿责任，对于超出部分，它没有义务进行赔偿。如果保险公司先行垫付了超出其赔偿范围的款项，那么在后续的赔偿过程中，它有权要求受害者或责任方返还这部分超出款项。
- 例如，如果交通事故造成的损失总额为10万元，而保险公司的赔偿限额为8万元。如果保险公司先行垫付了9万元，那么在后续的赔偿过程中，它有权扣除超出其赔偿限额的1万元。
还需考虑垫付款的性质和用途：
- 如果垫付款是用于支付受害者的医疗费用、丧葬费用等必要支出，且这些支出在保险公司的赔偿范围内，那么保险公司不应全部扣除。
- 如果垫付款是用于支付其他非必要支出或与保险事故无关的费用，那么保险公司在赔偿时有权根据实际情况进行扣除。
建议：在处理交通事故后的保险赔偿问题时，建议受害者或责任方与保险公司进行充分沟通，明确垫付款的性质、用途以及保险公司的赔偿范围和限额。如果双方无法达成一致意见，可以寻求法律援助或通过法律途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。