针对您提出的问题，关于交通事故中对方全责时保险公司赔偿医疗费是否应扣非医保部分，这是一个涉及保险赔偿范围和法律规定的问题。以下是对此问题的详细解答：

首先，从法律角度来看，《民法典》第一千一百七十九条明确规定，侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用。这意味着，只要是治疗交通事故所受伤害所花费的医疗费，保险公司均应当赔偿，且医疗费的范围并不当然限定在医保用药范围内。

其次，根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第六条，医疗费是根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证，结合病历和诊断证明等相关证据确定的。这进一步强调了医疗费赔偿的合理性，并未将非医保用药排除在外。

再者，保险合同的性质是商业保险合同，保险公司依据该合同收取的保费远高于国家基本医疗保险的范围。如果非医保用药不予理赔，将导致保险公司收取高额商业保险费，却按照国家基本医疗保险的标准理赔，这违反了权利义务相一致原则，也有悖于诚信原则，限制了投保人的权利。

在实际案例中，如湖南桂阳和桃源县的法院判例均表明，保险公司不得扣减非医保用药费用。法院认为，伤者在治疗期间由医疗机构根据病情用药，伤者难以区分医保用药与非医保用药，且医疗机构在抢救、治疗伤者时如确需使用超出医保范围内的药品而不使用，则违反了以人为本、救死扶伤的理念。同时，保险公司也未提供有效的证据证明受害人的非医保用药费用属于不合理、不必要的治疗开支。

综上所述，交通事故中对方全责时，保险公司赔偿医疗费不应扣非医保部分。这是基于法律规定、合同性质以及实际案例的综合判断。如果保险公司拒绝赔偿非医保用药部分，您可以依法维护自己的权益，必要时可以寻求法律途径解决纠纷。