结论：公司报备了不定时工时制，但员工工作时间每天超过八小时，周六周日是否算作加班，需分情况讨论。若员工的工作性质符合不定时工时制的适用范围，且公司已依法报备，则周六周日工作不一定算作加班；若不符合不定时工时制的适用范围或公司未依法报备，则周六周日工作可能算作加班。以下为详细分析：
一、不定时工时制的适用范围与报备要求
不定时工时制是一种特殊的工时制度，它适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工。根据相关规定，企业实行不定时工时制，必须报经劳动行政部门批准，并明确适用岗位和人员。
二、不定时工时制下周六周日工作的性质
符合不定时工时制适用范围且已依法报备：
- 在这种情况下，员工的工作时间不受标准工时制（即每日八小时，每周四十小时）的限制。员工的工作时间可能因工作需要而灵活安排，包括周六周日工作。
- 由于不定时工时制的特点，员工在周六周日工作并不一定算作加班。加班通常指的是在标准工作时间之外，因工作需要而延长的工作时间。在不定时工时制下，员工的工作时间已经根据工作需要进行了灵活安排，因此周六周日工作可能不被视为加班。
不符合不定时工时制适用范围或未依法报备：
- 如果员工的工作性质并不符合不定时工时制的适用范围，或者公司未依法向劳动行政部门报备实行不定时工时制，那么员工的工作时间应受标准工时制的限制。
- 在这种情况下，员工在周六周日工作，且未获得相应的调休或加班费，则可能算作加班。根据《劳动法》的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
三、法律建议
对于公司：
- 应确保实行不定时工时制的岗位和人员符合相关法律法规的适用范围。
- 应依法向劳动行政部门报备实行不定时工时制，并明确适用岗位和人员。
- 应合理安排员工的工作时间，确保员工的工作时间不超过法律法规的限制，并保障员工的休息权。
对于员工：
- 应了解自己的工作岗位是否适用不定时工时制，以及公司是否已依法报备。
- 如发现公司未依法实行不定时工时制或未合理安排工作时间，可向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。
- 如认为自己的休息权受到侵害，可依法维护自己的合法权益。
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