结论：在男人死亡后，小三的孩子若想与爷爷进行亲子鉴定，原则上不需要妻子的同意，但实际操作中可能会面临一些法律和伦理上的挑战。以下从法律和实际操作两个角度进行详细分析。

法律角度：

1. 亲子鉴定的法律基础：亲子鉴定主要是基于生物学原理，通过科学手段确定亲子关系。在法律上，亲子鉴定通常用于确认或否认亲子关系，以解决相关的法律纠纷，如继承权、抚养权等。

2. 继承权与亲子关系：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，遗产继承首先按照法定继承办理，有遗嘱的，按照遗嘱继承或者遗赠办理。在法定继承中，子女是第一顺序继承人。这里的“子女”，包括婚生子女、非婚生子女、养子女和有扶养关系的继子女。因此，如果小三的孩子确实是男人的非婚生子女，那么该孩子依法享有继承权。

3. 妻子同意的必要性：在亲子鉴定的问题上，妻子的同意并不是法律上的必要条件。亲子鉴定主要涉及的是被鉴定人与鉴定对象之间的生物学关系，与妻子无直接的法律关系。然而，如果妻子是遗产的管理人或执行人，她可能会从遗产管理的角度提出异议或要求。但这并不影响亲子鉴定的进行，只是可能在后续遗产分配时产生争议。

实际操作角度：

1. 样本获取：进行亲子鉴定需要获取被鉴定人（即爷爷）和鉴定对象（即小三的孩子）的生物学样本，如血液、毛发等。在男人已经死亡的情况下，获取爷爷的样本可能相对容易，但需要确保样本的合法性和有效性。

2. 伦理和道德考量：亲子鉴定不仅是一个法律问题，还涉及伦理和道德层面。特别是当涉及到非婚生子女和家庭关系时，可能会引发家庭内部的矛盾和冲突。因此，在进行亲子鉴定前，应充分考虑可能产生的后果，并尽可能通过协商和沟通解决问题。

3. 法律程序和证据：如果亲子鉴定结果用于法律诉讼或遗产分配等正式场合，需要确保鉴定程序的合法性和鉴定结果的准确性。同时，还需要收集其他相关证据来支持自己的主张，如出生证明、亲子关系证明等。

建议：

• 如果小三的孩子确实需要确认与爷爷的亲子关系，并且这种确认对于维护其合法权益（如继承权）至关重要，那么可以考虑进行亲子鉴定。
• 在进行亲子鉴定前，应尽可能与家庭成员进行沟通和协商，以减少不必要的矛盾和冲突。
• 如果可能的话，可以寻求专业律师的帮助，以确保鉴定程序的合法性和鉴定结果的准确性，并在后续的法律纠纷中提供有效的法律支持。

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