员工自动离职时，工资的发放时间主要依据相关法律法规和实际情况来确定，核心原则是工资应依法及时结清。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律法规的明确规定

1. 《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，无论员工是正常离职还是自动离职，用人单位都应在离职时一次性结清工资。

2. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款强调了工资支付的及时性和不得克扣的原则，同样适用于自动离职的员工。

二、实际操作中的工资发放时间

1. 即时结清：若员工自动离职时，用人单位已完成当月工资核算，且财务流程允许，应在离职当天结清工资。这是最理想的情况，也是法律法规所倡导的。

2. 合理期限内结清：考虑到用人单位的实际情况，如工资核算流程、财务安排等，若无法在离职当天结清工资，也应在合理期限内（如离职后的3个工作日内，具体根据当地政策或公司规定）完成支付。但需注意，这一期限不得违反法律法规的强制性规定。

三、特殊情况下的工资发放

1. 未核算清楚的部分：对于未核算清楚的绩效、奖金等部分，也应在离职后的合理期限内完成核算并支付工资。用人单位不得以此为由拖延支付离职员工的工资。

2. 存在争议或纠纷：若员工与用人单位在工资发放上存在争议或纠纷，如用人单位认为员工自动离职给其造成了损失而要求赔偿等，双方应首先通过协商解决。协商不成的，可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在争议解决期间，用人单位不得无故拖欠员工的工资。若最终确定用人单位需支付工资的，应在问题解决后7日内支付。

四、法律后果与维权建议

1. 法律后果：若用人单位超过合理期限仍未发放工资，属于违法行为。劳动者有权通过与用人单位协商解决，协商不成可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及相应的经济补偿。同时，劳动行政部门会责令用人单位限期支付，逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。

2. 维权建议：员工在自动离职后，若遇到用人单位拖欠工资的情况，应保留好相关证据（如劳动合同、考勤记录、工资条等），以便在维权时使用。同时，建议员工尽量办理离职交接手续，避免被认定为“自动离职”而引发不必要的纠纷。

总结来说，员工自动离职时，工资的发放时间应遵循法律法规的规定，在离职时或合理期限内一次性结清。若遇到用人单位拖欠工资的情况，员工应依法维权，保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。