评标专家费可以合同约定由代理机构支付，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下是对此问题的详细分析：
一、合同自由原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，可以就合同的内容进行自由约定，包括费用的承担方式。因此，从合同自由原则的角度出发，评标专家费的支付方式可以由招标人和代理机构在合同中自行约定。
二、实际操作中的考虑
招标文件的规定：
- 招标文件是招标活动的法律性文件，其中通常会明确评标专家费的支付方式和标准。如果招标文件已经明确规定了评标专家费由招标人支付，那么代理机构在合同中约定由自己支付可能涉及对招标文件的修改或补充，需要得到招标人的同意。
- 如果招标文件未明确规定评标专家费的支付方式，那么招标人和代理机构可以在合同中自由约定。
代理机构的职责和权限：
- 代理机构在招标活动中通常负责招标文件的编制、发布、组织评标等工作。如果代理机构在合同中约定由自己支付评标专家费，需要确保这一约定不违反其职责和权限，也不损害招标人的利益。
- 代理机构应当明确其支付评标专家费的资金来源，确保这一费用不会转嫁给招标人或其他相关方。
评标专家的权益保障：
- 无论评标专家费由谁支付，都应当确保评标专家的权益得到保障。这包括评标专家费的及时支付、支付标准的合理性等。
- 如果代理机构约定由自己支付评标专家费，但未能按时支付或支付标准不合理，可能会影响评标专家的积极性和评标活动的公正性。
三、法律风险和合规性
合同条款的合法性：
- 代理机构在合同中约定由自己支付评标专家费时，需要确保这一条款不违反相关法律法规的规定。例如，不得利用这一条款进行不正当竞争或损害其他相关方的利益。
税务和财务合规性：
- 代理机构在支付评标专家费时，需要遵守相关的税务和财务规定。这包括正确计算和缴纳税款、保留完整的财务记录等。
四、建议
明确约定：
- 如果招标人和代理机构决定在合同中约定由代理机构支付评标专家费，应当明确约定支付方式、支付标准、支付时间等关键条款，以避免后续纠纷。
遵守法律法规：
- 代理机构在支付评标专家费时，应当严格遵守相关法律法规的规定，确保支付的合法性和合规性。
保障评标专家权益：
- 无论评标专家费由谁支付，都应当确保评标专家的权益得到充分保障，以维护评标活动的公正性和权威性。
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