在被告申请鉴定，鉴定意见被采信，且被告应承担赔偿责任的情况下，鉴定费的负担问题需根据具体情况来判断，以下是详细分析：

1. 一般原则：败诉方承担

   • 根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，诉讼过程中因鉴定发生的费用，通常遵循“败诉方承担”的原则。这意味着，如果被告最终被判决承担赔偿责任，且鉴定意见对其不利，那么鉴定费用一般应由被告自行承担。这是因为鉴定费用是被告为了支持其抗辩理由而提出的，属于其举证责任的一部分，当鉴定结果不支持其主张时，该费用应由其自行负担。

2. 特殊情况：双方分担或原告承担

   • 双方分担：如果案件出现部分胜诉、部分败诉的情况，或者双方对争议事实都有一定责任或过错，法院可能会根据双方的责任比例来分担鉴定费用。例如，如果法院判决被告部分胜诉、部分败诉，那么鉴定费用可能会按照双方胜负的比例来分配。
   • 原告承担：在某些特殊情况下，如果鉴定结果对被告有利，且该鉴定是被告为了反驳原告的主张而提出的，那么鉴定费用可能会由原告承担。这通常发生在原告的主张缺乏充分证据支持，而被告通过鉴定提供了有力反驳证据的情况下。不过，这种情况相对较少见，且需要法院根据具体案情来裁量。

3. 其他注意事项

   • 申请鉴定的程序：被告在诉讼过程中申请鉴定时，必须遵循法院的相关规定和程序，不能随意进行。否则，可能会影响鉴定费用的承担问题。
   • 鉴定费用的支付与凭证：当事人应直接向鉴定机构支付费用，并保留支付凭证。如需对方分担费用，双方可签订协议共同支付；若经法院判决对方承担，当事人可凭判决书申请执行。
   • 协商与调解：在实际操作中，双方当事人也可以协商达成一致，共同分担鉴定费用。这通常发生在双方对争议事实都有不确定性且希望通过鉴定澄清的情况下。如果协商不成，再由法院根据案情来裁量。

举例说明： 假设在一起交通事故责任纠纷中，被告（车主）对原告（受害者）提出的伤残等级鉴定结果有异议，于是申请重新鉴定。法院同意了被告的申请，并委托了新的鉴定机构进行鉴定。最终，新的鉴定意见支持了原告的主张，即被告应承担全部赔偿责任。在这种情况下，由于鉴定结果对被告不利，且被告是鉴定申请的提出方，因此鉴定费用应由被告自行承担。

总结与建议： 在被告申请鉴定，鉴定意见被采信，且被告应承担赔偿责任的情况下，鉴定费用的承担问题需根据具体案情来判断。一般来说，如果鉴定结果对被告不利，鉴定费用应由被告自行承担；如果案件出现部分胜诉、部分败诉的情况，或者双方对争议事实都有一定责任或过错，法院可能会根据双方的责任比例来分担鉴定费用。因此，在实际操作中，建议当事人根据具体情况与对方协商或寻求法院的裁量，以确定鉴定费用的最终承担者。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。