停工留薪期住院自费药费一般应由工伤保险基金或用人单位承担，具体取决于实际情况和当地规定。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、工伤保险基金承担的情况
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。这包括治疗工伤所需的费用，如药品费、住院费等，且这些费用应符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准。
自费药费的特殊处理：
- 通常情况下，工伤保险基金只承担符合上述目录和标准的费用。然而，对于自费药费，如果这些药品是治疗工伤所必需的，且无法通过其他途径获得（如医保报销），部分地区或政策可能允许工伤保险基金在特定条件下承担部分或全部自费药费。但这并非普遍情况，需具体查看当地工伤保险政策。
二、用人单位承担的情况
用人单位的责任：
- 在停工留薪期内，用人单位应支付职工原工资福利待遇不变。这包括职工因工伤住院期间的各项费用，理论上应涵盖合理的医疗费用，尽管实际操作中可能因工伤保险的存在而有所区分。
自费药费的承担：
- 如果自费药费是由于医疗机构根据职工病情需要而开具的，且用人单位无法证明该费用不合理或非必要，那么用人单位可能需要承担这部分费用。特别是当工伤保险基金不承担自费药费时，用人单位作为工伤责任的最终承担者，往往需要承担这部分额外费用。
三、实际操作中的建议
与用人单位协商：
- 职工可以与用人单位就自费药费的承担问题进行协商，看是否能达成一致意见。如果用人单位同意承担部分或全部自费药费，那么问题将得到妥善解决。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，职工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位承担自费药费。对劳动仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
了解当地政策：
- 不同地区对于工伤保险和自费药费的承担政策可能有所不同。因此，职工在处理此类问题时，应首先了解当地的相关政策规定，以便更好地维护自己的合法权益。
总结与建议：停工留薪期住院自费药费的承担问题涉及工伤保险基金和用人单位的责任划分。在实际操作中，建议职工先与用人单位进行协商，了解当地政策规定，并根据具体情况选择合适的解决途径。如有需要，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供更详细的法律建议。