劳动用工中，怀孕员工被辞退在一般情况下是不合法的，但存在特定合法理由。以下是对此问题的详细分析：
一、怀孕员工受法律保护的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》《劳动合同法》及《中华人民共和国妇女权益保障法》等相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形辞退女职工，单方解除劳动（聘用）合同或者服务协议。这一原则性规定确保了女职工在特殊时期的职业稳定。
二、允许辞退的特殊情形
尽管法律对孕期女职工提供了广泛保护，但在以下特定情况下，用人单位仍可依法解除劳动合同：
试用期不符合录用条件：如果怀孕员工在试用期间被证明不符合录用条件，用人单位可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同。
严重违反规章制度：若怀孕员工严重违反用人单位的规章制度，如长期旷工、严重失职等，用人单位有权解除劳动合同。
严重失职或营私舞弊：怀孕员工如果因严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害，用人单位可以解除劳动合同。
建立多重劳动关系且影响工作：如果怀孕员工同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出后拒不改正，用人单位可以解除劳动合同。
劳动合同无效：因欺诈、胁迫等手段使劳动合同无效的，用人单位可以解除劳动合同。
被依法追究刑事责任：如果怀孕员工被依法追究刑事责任，用人单位有权解除劳动合同。
三、违法辞退的法律后果
如果用人单位违反规定解除与怀孕员工的劳动合同，需承担以下法律责任：
经济赔偿：用人单位需按照《劳动合同法》第八十七条支付赔偿金，即经济补偿标准的二倍。经济补偿标准按劳动者在本单位工作年限计算，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年按一年计，不满六个月支付半个月工资。
继续履行合同：被辞退的怀孕员工有权要求继续履行合同，并可主张用人单位赔偿合同解除日至恢复日之间的工资损失。
生育津贴及其他损失：如因被开除而未能享受生育保险待遇，用人单位需支付生育津贴，并赔偿其他直接经济损失，如求职费用、培训费用等。
四、实际应用中的建议
用人单位：在处理与怀孕员工的劳动关系时，应严格遵守相关法律法规，避免违法辞退带来的法律风险和经济负担。在制定人事政策、处理员工关系时，充分考虑法律法规的要求，确保合法合规。
怀孕员工：应了解自身权益，如遭遇违法辞退，可寻求法律援助，通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
综上所述，劳动用工中怀孕员工被辞退在一般情况下是不合法的，但存在特定合法理由。用人单位在处理此类问题时需谨慎行事，确保遵守相关法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。