公司上下级发生关系可能引发的后果，需从法律、公司管理以及社会道德三个层面进行综合分析：
法律层面：
- 性骚扰与职场歧视：若上级利用职权或地位优势，以言语、行为等方式对下级进行性骚扰，或因发生关系而对下级进行不公平对待（如晋升、薪酬、工作任务分配等），这可能构成性骚扰或职场歧视，违反《中华人民共和国民法典》中关于人格权保护的相关规定，以及《中华人民共和国劳动法》中关于平等就业和反对歧视的条款。受害者有权向公司投诉，并可依法向法院提起诉讼，要求侵权者承担民事责任，包括赔偿损失、赔礼道歉等。
- 职务侵占与滥用职权：如果上下级之间的关系导致了公司资源的非法占用或滥用，如利用职权为对方谋取私利，可能触犯《中华人民共和国刑法》中的职务侵占罪或滥用职权罪，面临刑事处罚。
公司管理层面：
- 内部纪律处分：公司通常会有明确的员工行为准则和纪律处分制度，对于违反公司规定、损害公司形象或利益的行为，公司有权依据内部规定对涉事员工进行纪律处分，包括警告、罚款、降职、解雇等。
- 团队氛围与工作效率：上下级之间的不正当关系可能破坏团队氛围，导致其他员工感到不适或产生不公平感，进而影响工作效率和团队协作。公司可能需要投入额外资源来处理由此引发的内部矛盾和问题。
社会道德层面：
- 声誉损害：公司上下级发生不正当关系，一旦被曝光，可能对公司声誉造成负面影响，影响公司在客户、合作伙伴以及公众心目中的形象。
- 个人声誉与职业发展：涉事员工个人声誉也会受到损害，可能影响其在行业内的口碑和职业发展前景。特别是对于上级而言，其领导力和管理能力可能受到质疑，进而影响其在公司内的地位和晋升机会。
建议：
- 遵守法律法规：公司员工应严格遵守国家法律法规，避免任何违法违规行为。
- 遵循公司规定：员工应熟悉并遵守公司的员工行为准则和纪律处分制度，维护公司形象和利益。
- 保持职业操守：上下级之间应保持适当的职业距离，避免产生不正当关系，以维护良好的工作氛围和团队协作。
若您或您所在的公司遇到类似问题，或有其他公司法务方面的疑问，欢迎直接向我咨询。我将结合我的专业知识和经验，为您提供全面、准确的法律建议。