关于公立学校与第三方合作建楼协议的效力问题，这主要涉及到教育用地及教育设施的公益性质以及相关法律法规的约束。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，教育用地和教育设施具有特殊的公益属性，它们不同于普通财产。这种特殊性表现在其特殊的用途上，即用于教育目的，服务于公众的受教育权。因此，在处理涉及教育用地和教育设施的协议时，必须充分考虑其公益性质，确保不会损害公众的受教育权。
对于公立学校与第三方合作建楼的协议，其效力主要取决于以下几个方面：
协议内容是否合法合规：协议必须符合国家法律法规的规定，不得违反教育用地和教育设施的公益性质。例如，协议中不得约定将教育用地或教育设施用于非教育目的，或者进行转让、抵押等可能损害其公益性质的行为。
学校是否具备办学资质：在签订合作建楼协议时，学校必须具备合法的办学资质。如果学校已经不具备办学条件或者办学资质已经超期，那么其签订的合作建楼协议可能会因为主体不适格而被认定为无效。
协议是否影响教育用地及教育设施的正常使用：合作建楼协议不得影响教育用地及教育设施的正常使用。如果协议的实施会导致教育用地被占用、教育设施被损坏或者无法正常使用，那么这样的协议可能会因为违反公益性质而被认定为无效或者需要被修改。
法律法规的特别规定：除了上述一般原则外，还需要特别注意法律法规对于教育用地及教育设施的特别规定。例如，根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》等相关司法解释，教育用地及教育设施在特定情况下可能受到保护，不得被强制执行或者查封等。
在具体案例中，如果公立学校与第三方签订了合作建楼协议，但后续因为各种原因（如学校不具备办学资质、协议影响教育设施正常使用等）导致协议无法履行或者产生纠纷，那么双方可能需要通过法律途径来解决争议。在这种情况下，法院会综合考虑协议内容、学校资质、教育设施使用情况以及法律法规的特别规定等因素来作出判断。
综上所述，公立学校与第三方合作建楼协议的效力取决于多个因素，包括协议内容的合法合规性、学校的办学资质、协议对教育设施正常使用的影响以及法律法规的特别规定等。在签订此类协议时，双方必须充分了解并遵守相关法律法规的规定，确保协议的合法性和有效性。