三方协议可以盖公办学校的章。实际上，三方协议在签署时，通常是需要加盖相关单位的公章或合同专用章以体现单位的真实意愿和对协议内容的认可。对于公办学校而言，作为三方协议的一方主体，其盖章是协议生效的重要一环，也体现了学校对协议内容的确认和愿意履行相关职责的承诺。
不过，在具体操作时，还需注意以下几点：
确认盖章主体：确保盖章的是具有法人资格的学校单位，而非学校内部的某个部门或临时机构，以保证协议的合法性和有效性。
审查协议内容：在盖章前，学校应仔细审查协议内容，确保条款清晰、明确，无歧义，且符合法律法规的要求。
遵守签订流程：一般情况下，三方协议的签订流程应包含用人单位和学校的相继盖章。毕业生在与用人单位达成初步意向后，由用人单位先在协议上盖章，然后再由学校进行审核并盖章。
留意特殊情况：虽然大多数情况下三方协议需要学校盖章，但在某些特殊情况下，如实习性质的简单协议或双方有明确约定且不涉及学校职责的协议，可能不需要学校盖章即有效。这需要根据具体情况来判断。
综上所述，三方协议可以盖公办学校的章，且这一步骤对于增加协议公信力、保障毕业生权益及用人单位确认毕业生资质等方面具有重要意义。在签订过程中，应确保盖章主体的合法性、协议内容的清晰性以及签订流程的规范性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。