针对学校校长违反程序建设工程的情况，处理方式需结合具体情节、法律后果及责任主体综合判断，以下是分情况说明：

1. 若违反程序但未造成严重后果

   • 内部纠正：学校上级主管部门（如教育局）可责令校长限期整改，要求其补全程序或重新履行法定流程（如招标、审批等）。
     
   • 行政处分：根据《教育法》《公务员法》或事业单位人员处分规定，校长可能面临警告、记过、降级等处分，具体取决于违规严重性。
     
   • 法律依据：需核查违反的具体程序（如《招标投标法》《政府采购法》中关于工程建设的强制性规定），若未触犯刑法，通常以行政责任为主。

2. 若违反程序且造成重大损失或社会影响

   • 刑事追责：若校长行为涉嫌犯罪（如滥用职权罪、玩忽职守罪、贪污贿赂罪等），需移送司法机关立案侦查。例如，故意规避招标、收受贿赂导致工程质量问题，可能构成犯罪。
     
   • 民事赔偿：若因违规程序导致学校或第三方损失（如工程款浪费、合同无效等），校长可能需承担个人赔偿责任或学校需向第三方追偿。
     
   • 行政撤销或罢免：上级部门可直接撤销校长职务，或通过法定程序罢免其校长资格。

3. 处理流程建议

   • 调查取证：由学校监事会、教育局或纪委介入，固定违规证据（如会议记录、合同、财务凭证等）。
     
   • 听证与申诉：校长有权要求听证或申诉，若对处分决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
     
   • 公开通报：为避免类似事件，上级部门可能要求学校公开处理结果，起到警示作用。

关键提醒：

• 需区分“程序瑕疵”与“实质违法”：若程序轻微违规但未影响工程合法性或质量，处理可能较轻；若程序违规直接导致公共利益受损，责任会加重。
  
• 责任主体可能扩展：若校长行为系集体决策或受上级指示，需进一步核查其他责任人（如校委会成员、教育局领导等）。
  

如有具体情节或证据材料，可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的分析。