发包人擅自使用其中一部分工程，并不能直接推定全部工程合格。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律原则与规定

在建设工程领域，工程质量的合格与否通常需要通过专业的验收程序来确定。根据相关法律法规，工程验收是一个严谨的过程，涉及对工程各个部分的详细检查和测试。发包人擅自使用其中一部分工程，并不等同于对整个工程进行了验收，也不意味着该部分工程以及整个工程都符合设计要求和质量标准。

二、擅自使用的法律后果

1. 对擅自使用部分的影响：

   • 如果发包人擅自使用了工程中的某一部分，且该部分工程确实存在质量问题，那么发包人可能需要承担因使用不合格工程而产生的损失和责任。
   • 然而，擅自使用并不自动意味着该部分工程合格。发包人仍需对该部分工程的质量问题负责，并可能需要承担修复、返工等费用。

2. 对整体工程的影响：

   • 擅自使用其中一部分工程，并不能推定整体工程合格。整体工程的质量需要经过全面的验收程序来确定，包括各个部分的检查、测试以及整体功能的评估。
   • 如果整体工程存在质量问题，即使发包人已经擅自使用了其中一部分，承包人仍需对整体工程的质量问题负责，并可能需要承担相应的法律责任。

三、实际案例与司法实践

在实际案例中，法院通常会根据具体情况来判断发包人擅自使用工程的行为是否构成对工程质量的认可。如果发包人擅自使用的部分工程确实存在质量问题，且该问题与承包人的施工行为有关，那么法院可能会认定承包人需要承担相应的责任。然而，这并不意味着整体工程被推定为合格。

四、建议与措施

1. 对于发包人：

   • 在工程未经验收合格前，应避免擅自使用任何部分工程，以免承担不必要的法律责任和损失。
   • 如果确实需要提前使用部分工程，应与承包人协商并签订相关协议，明确双方的权利和义务。

2. 对于承包人：

   • 应严格按照设计要求和质量标准进行施工，确保工程各个部分的质量符合要求。
   • 在工程验收前，应积极配合发包人进行各项检查和测试工作，确保工程能够顺利通过验收。

如有任何关于建设工程领域的法律问题或疑虑，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。