结论：原出租人起诉要求公司拆掉厂房是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及土地承包合同的约定、厂房建设合法性及物权保护等法律问题。以下从不同角度进行分析：
一、土地承包合同约定角度
合同明确约定禁止建设：
- 若土地承包合同中明确约定了承包方不得在承包土地上建设建筑物、构筑物，或明确约定了土地用途（如仅用于农业种植、养殖等），而公司违反约定建设了厂房，则原出租人（发包方）有权依据合同约定要求公司拆除厂房，恢复土地原状。
- 法律依据：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在此情况下，公司违反合同约定建设厂房，构成违约，原出租人有权要求其承担违约责任，包括拆除厂房。
合同未明确约定或约定不明：
- 若土地承包合同中未明确约定禁止建设或土地用途，或约定不明，则需进一步分析厂房建设的合法性及物权保护问题。
二、厂房建设合法性角度
厂房建设符合规划及审批要求：
- 若公司建设的厂房符合当地土地利用总体规划、城乡规划，并依法办理了相关审批手续（如建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等），则厂房建设合法，原出租人无权要求拆除。
- 法律依据：根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。在此情况下，若厂房建设合法，则原出租人无权要求拆除。
厂房建设不符合规划及审批要求：
- 若公司建设的厂房未依法办理相关审批手续，或不符合当地土地利用总体规划、城乡规划，则厂房建设违法，原出租人有权要求拆除。
- 法律依据：同上，《城乡规划法》第六十四条对违法建设的处理作出了明确规定。在此情况下，原出租人可向相关部门举报，要求对公司进行处罚，并有权要求公司拆除违法建设的厂房。
三、物权保护角度
厂房建设侵犯原出租人物权：
- 若公司建设的厂房侵犯了原出租人的物权（如土地使用权、相邻权等），则原出租人有权依据《民法典》物权编的相关规定，要求公司停止侵害、排除妨碍、消除危险或赔偿损失。在极端情况下，若厂房建设严重影响了原出租人的正常使用或造成了重大损失，原出租人可能有权要求拆除厂房。
- 法律依据：根据《民法典》第二百三十六条，妨害物权或者可能妨害物权的，权利人可以请求排除妨害或者消除危险。第二百三十八条，侵害物权，造成权利人损害的，权利人可以依法请求损害赔偿，也可以依法请求承担其他民事责任。
厂房建设未侵犯原出租人物权：
- 若公司建设的厂房未侵犯原出租人的物权，且符合合同约定及法律规定，则原出租人无权要求拆除厂房。
四、建议与风险提示
审查合同及审批手续：
- 公司应首先审查土地承包合同及厂房建设的审批手续，确认是否存在违约或违法情形。
与原出租人协商：
- 若存在争议，公司可与原出租人协商解决，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律救济：
- 若协商无果，公司或原出租人均可依法向人民法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。
风险提示：
- 公司在建设厂房前，应充分了解土地性质、用途及规划要求，确保建设行为合法合规。否则，可能面临拆除、罚款等法律风险。
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