结论：公司与员工签订的不平等协议，员工手上没有协议原件并不影响协议本身的效力判断，但员工仍可采取措施来维护自己的权益，该协议不一定有效。以下从不同角度进行分析：
一、协议效力的法律判断
不平等协议的法律定义：
- 不平等协议通常指的是在签订过程中，一方利用其优势地位或对方的无经验、紧迫需求等，迫使对方接受不公平、不合理的条款。这种协议往往违反了公平、自愿、等价有偿等民法基本原则。
协议效力的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定或者违背公序良俗的民事法律行为无效。同时，如果一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方或受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
员工手上没有协议的影响：
- 员工手上没有协议原件并不影响协议本身的效力判断。法律上，协议的效力并不取决于其是否被某一方持有，而是取决于协议的内容是否合法、是否违反公平原则、是否双方自愿签订等。
二、员工如何维护自己的权益
收集证据：
- 尽管员工手上没有协议原件，但可以尝试通过其他途径收集证据，如电子邮件、短信、微信聊天记录、录音录像等，以证明协议的存在及其内容。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
与公司协商：
- 在收集到一定证据后，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司重新提供协议副本或修改不公平条款。如果公司拒绝合作，员工可以考虑采取法律手段。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求确认协议无效或撤销不公平条款。如果劳动仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼。
三、可能面临的法律后果
协议被确认无效：
- 如果法院或仲裁机构认定协议存在不公平、不合理条款，且违反了法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，那么该协议将被确认无效。这意味着协议中的不公平条款将不具有法律效力，员工无需履行这些条款。
公司承担法律责任：
- 如果公司因签订不平等协议而给员工造成损失，公司可能需要承担赔偿责任。这包括因协议无效而导致的员工经济损失、精神损害等。
建议：面对公司与员工签订的不平等协议，即使员工手上没有协议原件，也不应放弃维护自己的权益。员工应积极收集证据，与公司协商，并在必要时申请劳动仲裁或提起诉讼。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。