公司让员工签署不平等协议，其效力需根据具体情况判断，在特定情形下，合同可能部分或全部无效；而在其他情况下，若未违反法律法规强制性规定且双方自愿协商，则合同可能有效。以下是对此问题的详细分析：
一、合同可能有效的情形
不平等协议并不一定直接导致合同全部无效。若协议中虽然存在对员工不利的条款，但这些条款并未违反法律法规的强制性规定，并且是在双方自愿、平等协商的基础上签订的，同时员工在签订时未受到欺诈、胁迫或乘人之危等情形，那么该协议通常被视为有效。例如，协议中约定了较重的工作任务或较长的工作时间，但公司支付了相应且合理的报酬，且这种约定未低于当地关于工作时间和工资待遇的最低标准，则该条款可能被认定为有效。不过，从公平原则和劳动法的立法精神来看，公司应尽量避免制定对员工明显不利的条款，以维护和谐的劳动关系。
二、合同部分或全部无效的情形
违反法律法规强制性规定：
- 如果协议中的某些条款违反了法律法规的强制性规定，如约定公司无需为员工缴纳社会保险、约定违法的加班时长且无合理报酬等，这些条款将无效。然而，这并不影响协议中其他符合法律规定的条款的效力。例如，协议中既包含了违法的不缴纳社保条款，也包含了合法的工资支付条款，那么不缴纳社保条款无效，但工资支付条款仍然有效。
存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形：
- 若员工在受到欺诈、胁迫或公司乘人之危的情况下签订了不平等的协议，员工有权请求劳动争议仲裁机构或人民法院撤销该协议。一旦协议被撤销，它将自始没有法律约束力。例如，公司以不签订协议就不发放之前工资相威胁，迫使员工签订明显不利的协议，员工可通过法律途径主张撤销。
免除公司法定责任、排除员工主要权利：
- 根据《劳动合同法》的规定，如果协议中约定了免除公司法定责任或排除员工主要权利的条款，如“员工在工作过程中发生任何伤亡事故，公司概不负责”，这些条款将被视为无效。因为它们排除了员工在遭受工伤时获得赔偿的主要权利，并免除了公司的法定责任。
三、合同无效后的处理
- 如果协议被确认无效，而员工已经付出了劳动，公司应当参照本单位相同或相近岗位员工的劳动报酬向员工支付报酬。这是为了保障员工的合法权益，避免因协议无效而导致员工劳动成果得不到合理回报。
四、实际操作建议
- 谨慎签署协议：员工在签署协议前，应仔细审查协议条款，确保自身权益不受侵害。如果认为协议中存在不平等条款，应与公司进行协商，争取修改或删除这些条款。
- 寻求法律援助：如果员工确实遭遇了不平等协议的侵害，且无法与公司协商解决，应及时采取适当的法律措施来保护自己的权益。例如，向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
综上所述，公司让员工签署不平等协议的行为可能因违反法律法规、存在欺诈胁迫情形或显失公平等原因而导致协议部分或全部无效。员工在面对这种情况时应保持警惕，并寻求专业的法律援助来维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。