公司让员工签不能胜任工作等协议，其效力需分情况讨论，具体如下：
协议内容合法且双方自愿签订
- 如果协议内容符合法律法规的规定，比如明确约定了不能胜任工作的具体标准、考核方式、后续处理措施（如培训、调岗或解除劳动合同等），并且双方是在平等、自愿、协商一致的基础上签订的，那么这份协议通常是有效的。它对双方都具有法律约束力，公司可以依据协议内容对员工进行管理，员工也需要遵守协议规定。
协议内容违法或存在欺诈、胁迫等情形
- 如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，比如协议中约定了不合理的考核标准、剥夺了员工的合法权益（如未依法支付经济补偿金就解除劳动合同等），或者协议是在欺诈、胁迫等情形下签订的，那么这份协议是无效的。员工有权拒绝履行协议中的违法条款，并可以依法维护自己的合法权益。
协议内容模糊或存在歧义
- 如果协议内容模糊不清、存在歧义，或者未明确约定不能胜任工作的具体标准、考核方式等关键条款，那么这份协议的效力可能会受到质疑。在这种情况下，如果双方因此发生争议，仲裁机构或法院可能会根据实际情况、行业惯例以及公平原则等对协议内容进行解释和认定。
法律建议：
- 对于公司而言，在制定和签订此类协议时，应确保协议内容合法合规、明确具体，并充分尊重员工的知情权和选择权。同时，公司还应建立健全的考核机制和培训体系，确保对员工不能胜任工作的认定和处理做到公正、合理。
- 对于员工而言，在签订此类协议前，应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务。如果对协议内容有疑问或异议，应及时向公司提出并协商解决。如果认为协议内容违法或侵犯了自己的合法权益，可以拒绝签订或依法维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果协议有效且员工确实不能胜任工作，公司可以依据协议内容对员工进行培训、调岗或解除劳动合同等处理。但公司需要确保处理过程合法合规，并依法支付经济补偿金（如适用）。
- 如果协议无效或存在争议，双方可能会因此发生劳动争议。在这种情况下，建议双方首先通过协商、调解等方式解决争议；如果协商、调解不成，可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
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