公司用年假抵扣高温假是否合法，需分情况讨论：
若公司事先与员工达成协议并征得同意：
- 在这种情况下，公司用年假抵扣高温假是合法的。年假虽为员工的法定权利，但员工有权自主处分其休假权利。如果公司提前与员工进行了充分的沟通协商，并且员工明确同意用年假来抵扣高温假，那么这种安排是合法的，视为员工对自身权利的合法处分。
若公司规章制度有明确规定且合法有效：
- 若公司有明确的规章制度，规定在特定情况下（如高温假期间）可以用年假进行抵扣，且该规章制度在制定时经过了民主程序讨论，并向员工进行了公示，那么这种规定可能被认定为有效。在此情况下，依据规章制度进行的抵扣也是合法的。但需要注意的是，规章制度的内容必须合法，不能侵犯员工的合法权益。
若公司未经员工同意擅自抵扣或规章制度不合法：
- 如果公司未经员工同意，擅自将高温假时间抵扣年假，这侵犯了员工自主安排年假的权利，是不合法的。年假是员工的法定假期，员工有权在合适的时间按照自己的意愿申请和安排休假。同时，如果公司的规章制度在制定时没有经过民主程序讨论，或未向员工公示，那么即使其中有关于放假抵扣年假的规定，该规定也是无效的。以这样的规定来抵扣年假，同样是不合法的。
法律背景与建议：
- 根据《职工带薪年休假条例》的相关规定，单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。这意味着，在尊重员工意愿的前提下，单位有权安排年休假，包括可能的抵扣安排。但任何抵扣安排都必须以员工同意为前提，且不能违反法律法规的强制性规定。
- 如果员工认为公司用年假抵扣高温假的行为侵犯了自己的合法权益，首先应与公司进行沟通协商，要求公司纠正错误做法。若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。员工还可以选择申请劳动争议仲裁，通过法律途径来维护自己的年假权益。
可能后果：
- 如果公司未经员工同意擅自用年假抵扣高温假，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，公司还可能因侵犯员工权益而面临员工的民事诉讼，要求赔偿因此造成的损失。
综上所述，公司用年假抵扣高温假的合法性取决于是否事先与员工达成协议并征得同意，以及公司规章制度是否合法有效。在任何情况下，都应尊重员工的合法权益，确保年假制度的正确实施。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。