农村自建房没有签过户手续只签了协议，该协议在一定条件下是作数的，但可能存在法律风险，具体分析如下：
一、协议的法律效力
协议内容合法且双方真实意思表示：
- 如果双方签订的协议内容合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示，那么该协议在法律上是有效的。这意味着，协议中的条款对双方都具有约束力，双方应当按照协议履行各自的义务。
协议可能涉及物权变动：
- 农村自建房的转让，虽然可能不涉及城市房地产管理中的过户登记手续，但协议中如果明确约定了房屋的转让事宜，且该转让不违反相关法律规定（如宅基地使用权的转让限制），那么该协议可以作为房屋转让的依据。然而，需要注意的是，仅凭协议可能无法完全实现物权的变动，即房屋的所有权可能并未真正转移至受让方名下，除非完成了相关的过户或登记手续（在农村自建房的情况下，可能是指宅基地使用权的变更登记等）。
二、未签过户手续的法律风险
物权未实际转移：
- 未签订过户手续，意味着房屋的所有权可能并未真正转移至受让方。这可能导致受让方在支付了购房款后，仍然无法获得房屋的所有权，从而面临经济损失。
可能引发纠纷：
- 如果双方在协议履行过程中发生争议，由于未签订过户手续，可能增加解决纠纷的难度。例如，在诉讼中，法院可能需要综合考虑多种因素来判断房屋的所有权归属，这可能增加诉讼的不确定性和成本。
违反法律规定的风险：
- 如果农村自建房的转让违反了相关法律规定（如宅基地使用权的转让限制），那么该协议可能被认定为无效。这将导致受让方无法获得房屋的所有权，并可能面临返还购房款等法律后果。
三、建议
完善过户手续：
- 为了确保房屋转让的合法性和有效性，建议双方在签订协议后，尽快办理相关的过户或登记手续。这有助于明确房屋的所有权归属，减少纠纷的发生。
咨询专业律师：
- 在签订协议前或办理过户手续过程中，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助双方制定合理的转让方案，并确保协议的合法性和有效性。
注意协议条款：
- 在签订协议时，双方应仔细阅读协议条款，确保协议内容明确、合法且符合双方的真实意思表示。特别是关于房屋转让的具体条款（如转让价格、支付方式、过户时间等），应详细约定并明确双方的权利和义务。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据你的具体情况提供详细的法律建议和帮助。