打着合作协议从事特许经营工作，这一行为主要归商务主管部门处理。以下是从不同角度的详细分析：

1. 特许经营的定义与监管：

   • 特许经营，通常指的是特许人将自己所拥有的商标、商号、产品、专利和专有技术、经营模式等以合同的形式授予被特许人使用，被特许人按照合同约定在统一业务模式下从事经营活动，并向特许人支付特许经营费用的经营活动。
   • 根据《商业特许经营管理条例》等相关法律法规，特许经营活动需要受到商务主管部门的监管。商务主管部门负责特许经营活动的备案、审查以及违规行为的查处等工作。

2. 打着合作协议从事特许经营的实质：

   • 如果一方打着合作协议的幌子，实际上却是在从事特许经营活动，即未经许可擅自以特许经营的方式开展业务，那么这种行为就构成了对特许经营法规的违反。
   • 这种行为不仅可能损害被特许人的利益，还可能扰乱市场秩序，因此需要受到法律的制裁。

3. 处理部门与流程：

   • 当发现有人打着合作协议从事特许经营工作时，首先可以向当地的商务主管部门进行举报或投诉。
   • 商务主管部门在接到举报或投诉后，会进行调查核实。如果确认存在违规行为，商务主管部门会依法进行处罚，包括责令停止违法行为、没收违法所得、罚款等。
   • 如果涉及刑事犯罪，如诈骗等，那么还需要将案件移送至司法机关进行处理。

4. 法律后果与建议：

   • 对于打着合作协议从事特许经营的行为，一旦查实，将面临严重的法律后果。不仅可能面临行政处罚，还可能承担刑事责任。
   • 因此，建议企业在开展业务时，务必遵守相关法律法规，明确业务性质，避免混淆合作协议与特许经营的概念。如果确实需要开展特许经营活动，应当依法进行备案和审批，确保业务的合法性和合规性。

总结来说，打着合作协议从事特许经营工作是一种违法行为，主要归商务主管部门处理。企业在开展业务时应当遵守相关法律法规，明确业务性质，避免违规行为的发生。如果您在合同纠纷或婚姻家庭方面有任何法律问题，都可以直接向我咨询。