变相特许经营的管理归属，主要取决于其具体的经营模式和法律关系的界定，但一般来说，若构成特许经营关系，则主要由商务主管部门进行管理。以下是对此问题的详细分析：
一、变相特许经营的法律界定
变相特许经营，通常指的是以其他形式（如合作、加盟、代理等）掩盖特许经营实质的行为。特许经营，根据《商业特许经营管理条例》的规定，是指拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业（特许人），以合同形式将其拥有的经营资源许可其他经营者（被特许人）使用，被特许人按照合同约定在统一的经营模式下开展经营，并向特许人支付特许经营费用的经营活动。
若某经营行为实质上符合特许经营的特征，即使其以其他名义进行，也可能被认定为变相特许经营。
二、管理归属
商务主管部门：
- 根据《商业特许经营管理条例》的规定，国务院商务主管部门及其省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门，对特许经营活动实施监督管理。
- 这意味着，如果变相特许经营行为被认定为特许经营，那么其管理归属将主要是商务主管部门。商务主管部门负责特许经营的备案、监管、处罚等工作。
其他相关部门：
- 除了商务主管部门外，如果变相特许经营行为涉及其他法律领域（如市场监管、知识产权、反不正当竞争等），那么相关部门也可能根据其职责进行监管。
- 例如，如果变相特许经营行为涉及虚假宣传或侵犯知识产权，市场监管部门或知识产权部门可能介入调查并处理。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果变相特许经营行为被认定为违法，特许人可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得等），甚至可能承担刑事责任（如构成非法经营罪等）。
- 被特许人也可能因参与违法经营行为而受到处罚，并可能面临经济损失。
建议：
- 对于企业而言，应严格遵守相关法律法规，避免进行变相特许经营行为。如果确实需要进行特许经营，应依法进行备案并接受监管。
- 对于个人而言，在参与特许经营或类似经营活动时，应仔细审查合同条款和经营模式，确保自己的权益不受侵害。如果发现违法行为，应及时向相关部门举报。
若您对变相特许经营的管理归属或相关法律问题有进一步疑问，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。