关于僵尸企业破产时单位职工档案里是否留存有补偿协议的问题，这并非一个绝对的情况，而是取决于多种因素，以下分情况讨论：

1. 补偿协议的性质与签订情况

   • 如果补偿协议是职工与企业之间就破产清算过程中的经济补偿、福利待遇等事项达成的书面协议，并且该协议已经正式签订，那么理论上这份协议应当作为职工档案的一部分进行留存。这是因为职工档案通常包含了职工在企业工作期间的各种重要文件和记录，补偿协议作为职工权益的重要保障文件，自然也应当被纳入其中。
   • 然而，如果补偿协议并未正式签订，或者只是以口头形式达成，那么它就不会出现在职工档案中。此外，即使协议已经签订，但如果由于某种原因（如管理疏忽、文件丢失等）未能被纳入职工档案，那么档案中也不会留存该协议。

2. 破产清算的程序与要求

   • 在僵尸企业破产清算的过程中，管理人（通常由法院指定）会负责清理企业财产、编制资产负债表和财产清单，并处理与破产有关的未了结业务。在这个过程中，管理人应当会关注到职工档案的整理和保存工作，包括将重要的补偿协议等文件纳入档案。
   • 但同时，破产清算程序也可能受到时间、资源等多种因素的限制，导致某些文件未能被及时整理或保存。因此，即使存在补偿协议，也不能保证它一定会被留存在职工档案中。

3. 实际操作中的变数

   • 在实际操作中，不同企业、不同地区的破产清算程序可能存在差异。有些企业可能更加注重职工档案的整理和保存工作，而有些企业则可能由于各种原因而疏忽了这一点。
   • 此外，即使职工档案中留存了补偿协议，也可能存在协议内容不完整、签字不齐全等问题。这些问题都可能影响到协议的法律效力和职工的权益保障。

法律建议：

• 对于职工而言，如果关心自己的补偿协议是否留存在档案中，可以向破产企业的管理人或相关档案保管部门进行查询。如果发现档案中缺失了重要的补偿协议等文件，可以及时向管理人提出补充或更正的要求。
• 同时，职工也可以保留好自己手中的补偿协议副本或其他相关证据，以备不时之需。在破产清算过程中，职工的权益保障是一个重要的问题，如果遇到任何疑问或困难，都可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。