该条款本身在合同中是合法且可以存在的，但具体是否符合双方真实意图及实际履行情况，需结合合同整体内容及实际场景判断。以下从不同角度进行分析：

1. 条款合法性角度
   从法律层面看，合同双方有权通过协商约定发票开具及税费承担方式。根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定（如逃税、虚开发票等违法行为），该条款即有效。因此，若双方自愿约定“乙方自行代开发票并承担税费，甲方配合”，该条款本身不违法。

2. 条款合理性角度
   需结合交易习惯和行业惯例判断合理性。例如：

   • 若乙方为销售方（如二手房卖方），通常应由其开具发票并承担税费，此时条款符合常规；
     
   • 若甲方为销售方，但约定由乙方代开并承担税费，可能涉及特殊安排（如乙方为关联方或需通过代开实现税务筹划），此时需确保：
     
     • 乙方具备代开资格（如为小规模纳税人可申请税务机关代开）；
       
     • 税费承担约定不违反税法（如增值税、契税等法定纳税义务人仍为甲方时，约定由乙方承担仅属民事责任转移，不改变法定纳税义务）。
       

3. 实际履行风险角度

   • 甲方配合义务：需明确“配合”的具体内容（如提供必要文件、签署授权书等），若甲方未履行配合义务导致乙方无法代开，可能构成违约；
     
   • 发票真实性：乙方代开的发票需符合税法要求（如真实交易背景、正确税率等），否则可能被认定为虚开发票，双方均需承担法律责任；
     
   • 税费承担争议：若合同未明确税费具体项目（如增值税、附加税、印花税等）及计算方式，可能引发纠纷。建议列明税费种类及计算依据。

建议：

• 若您是甲方，需审核乙方代开资格及发票合规性，并在合同中明确配合义务的具体内容及违约责任；
  
• 若您是乙方，需确保代开行为符合税法规定，并保留税费支付凭证以避免后续争议。
  

如有具体合同条款或交易场景需进一步分析，可直接向我咨询。