结论前置：辞职后员工不来上班，用人单位不能直接停发工资，需根据具体情况处理。以下从不同角度进行分析：

一、辞职流程与工资发放的法律规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工辞职应当提前三十日以书面形式通知用人单位（在试用期内提前三日通知）。在员工按照法定程序提出辞职并完成工作交接后，用人单位应当一次性结清工资。若员工未按照法定程序辞职，而是擅自离职不来上班，这并不构成用人单位停发工资的合法理由。

法律背景：

• 《劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
• 《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

二、员工擅自离职的处理方式

若员工辞职后不来上班，且未按照法定程序办理离职手续，用人单位可以采取以下措施：

1. 沟通与催告：首先，用人单位应与员工进行沟通，了解其不来上班的原因，并催告其尽快返回工作岗位或办理离职手续。

2. 依据规章制度处理：若员工仍不来上班，用人单位可以依据公司规章制度（如考勤制度、离职管理制度等）对其进行处理。但需注意，规章制度必须合法有效，且已向员工公示或告知。

3. 解除劳动合同：在员工严重违反公司规章制度或旷工达到一定天数的情况下，用人单位可以依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同。但解除劳动合同前，用人单位应确保已履行了必要的程序，如通知工会、送达解除通知等。

法律建议：

• 不要直接停发工资：即使员工擅自离职，用人单位也不应直接停发其工资。因为工资是员工劳动的报酬，用人单位无权随意剥夺。
• 保留证据：在处理员工擅自离职问题时，用人单位应保留好相关证据，如考勤记录、沟通记录、规章制度等，以备不时之需。
• 合法合规处理：用人单位在处理员工擅自离职问题时，应确保自己的行为合法合规，避免引发劳动争议或法律风险。

三、可能面临的法律后果

若用人单位在员工辞职后不来上班的情况下直接停发工资，可能会面临以下法律后果：

1. 支付拖欠工资及赔偿金：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位拖欠员工工资的，应支付拖欠的工资及相应的赔偿金。

2. 劳动争议仲裁或诉讼：员工可能会因此向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求用人单位支付拖欠的工资及赔偿金。

3. 声誉损害：用人单位的行为还可能对其声誉造成损害，影响其在市场上的竞争力。

总结与进一步思考：

辞职后员工不来上班，用人单位不能直接停发工资。而应通过沟通、催告、依据规章制度处理或解除劳动合同等方式来解决问题。同时，用人单位应确保自己的行为合法合规，避免引发劳动争议或法律风险。若您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。