在交通事故中，若对方承担主要责任，而您自己先行垫付了住院费用，关于商业保险的医药费支付问题，这主要取决于您所购买的商业保险的具体条款以及事故的具体情况。以下是对此问题的详细解答：
商业保险的医药费支付方式
常规情况下的赔偿流程：
- 商业第三者责任险，在大多数情况下，并不会直接垫付医疗费用。它通常是在事故责任明确后，根据保险合同条款，对受害者进行事后赔偿。
- 这意味着，在您先行垫付住院费用后，需要保存好所有相关的医疗单据和凭证，以便后续向保险公司申请赔偿。
特殊情况下的先行赔付：
- 部分保险公司的商业险产品可能提供“医疗费用先行赔付”服务。这通常是在事故责任明确，且肇事方购买了足够额度的商业三者险的情况下，保险公司可能会根据被保险人的申请，直接向医院支付一定的医疗费用。
- 但这一服务并非所有商业险产品都提供，具体需查看您的保险合同或咨询保险公司确认。
保险公司直接支付给医院的情况：
- 如果您的商业保险合同中有明确条款，规定在特定情况下（如事故责任明确、医疗费用金额较大等）保险公司可以直接向医院支付医疗费用，那么您需要按照合同约定的流程向保险公司提出申请。
- 保险公司会审核您的申请，并根据合同条款决定是否直接向医院支付。
建议与操作步骤
查看保险合同：
- 首先，仔细阅读您的商业保险合同，特别是关于医疗费用赔付的条款，了解保险公司是否提供先行赔付服务，以及具体的申请流程和条件。
与保险公司沟通：
- 如果您对保险合同条款有疑问，或不确定自己是否符合先行赔付的条件，建议及时与保险公司沟通，咨询他们的意见和指导。
保存相关证据：
- 在您自行垫付住院费用期间，务必保存好所有与医疗费用相关的单据和凭证，如医疗费发票、诊断证明、用药清单等。这些将是您后续向保险公司申请赔偿的重要依据。
申请赔偿或先行赔付：
- 根据保险合同条款和保险公司的指导，向保险公司提交赔偿申请或先行赔付申请。如果申请被批准，保险公司将按照约定的方式支付医疗费用。
寻求法律援助（如需）：
- 如果在医疗费用垫付或赔偿问题上遇到纠纷或困难，您可以寻求法律援助或向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，商业保险的医药费是打给医院还是赔偿给您个人，主要取决于您的保险合同条款和事故的具体情况。建议您首先查看保险合同，与保险公司沟通，并保存好所有相关证据，以便后续处理赔偿事宜。