建筑分包单位与个体工商户签订用工协议的合法性需根据具体情况及协议内容综合判断。以下是对此问题的全面分析：
一、协议合法性的一般原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一个合法的民事法律行为需满足以下条件：行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗。这是判断任何协议，包括建筑分包单位与个体工商户签订的用工协议是否合法的基本框架。
二、建设工程领域的特殊规定
资质要求：在建设工程领域，我国对施工主体有严格的资质要求。《中华人民共和国建筑法》明确规定，承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。若个体工商户不具备相应的施工资质，那么其与建筑分包单位签订的用工协议，可能会因违反法律的强制性规定而被认定为无效。
无效协议的后果：依据《民法典》第一百五十三条第一款的规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。这意味着，如果个体工商户签订的用工协议涉及建设工程且未取得相应资质，该协议将不具有法律效力，无法保护双方的权益。
三、特殊情况下的合法性
然而，并非所有建筑分包单位与个体工商户签订的用工协议都必然非法。如果协议涉及的工作不属于建设工程范畴，例如简单的劳务活动、小规模的非建设工程类的承揽业务等，且不要求特定的资质条件，那么该用工协议在满足一般民事法律行为有效要件的情况下，是可以被认定为合法有效的。
四、签订协议前的注意事项
为了确保建筑分包单位与个体工商户签订的用工协议的合法性，双方在签订前应特别注意以下几点：
确认工作内容与性质：明确协议所涉及的工作是否属于建设工程范畴，是否需要特定资质。
核查双方资质与能力：确保双方均具备签订和履行协议所需的民事行为能力和资质条件。对于个体工商户而言，如果其从事的是需要特定资质的工作，那么必须取得相应的资质证书。
详细阅读并理解协议内容：确保协议条款清晰明了，无歧义，且符合法律法规的要求。特别是关于工作内容、工资支付、工作时间、劳动保护等方面的条款，必须明确且合法。
寻求专业法律意见：如有必要，可咨询专业律师对协议进行审查，以确保其合法性和有效性。
五、可能的法律后果
如果建筑分包单位与个体工商户签订的用工协议因违反法律法规而被认定为无效，那么双方可能面临以下法律后果：
无法获得法律保护：无效的协议无法获得法律的保护，双方可能无法依据协议主张自己的权益。
承担法律责任：如果因协议无效而导致一方或双方遭受损失，那么可能需要根据各自的过错程度承担相应的法律责任。
行政处罚：如果个体工商户未取得相应资质而从事需要资质的工作，那么可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
综上所述，建筑分包单位与个体工商户签订用工协议的合法性需根据具体情况及协议内容综合判断。在签订前，双方应充分了解相关法律法规和协议条款，确保协议的合法性和有效性，以维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。