结论：在刑事案件中发现了行政违法行为，但已过去三年，关于治安管理处罚的时效问题，需根据具体违法行为及法律规定来判断是否已过处罚时效。一般情况下，若该行政违法行为属于违反治安管理行为，且已超过六个月，则不再给予治安管理处罚；但若该行为构成犯罪，则不受此时效限制。
分析说明：
治安管理处罚的时效规定：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第二十二条：“违反治安管理行为在六个月内没有被公安机关发现的，不再处罚。前款规定的期限，从违反治安管理行为发生之日起计算；违反治安管理行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”
- 这意味着，对于一般的违反治安管理行为，如果自行为发生之日起六个月内未被公安机关发现，则不再给予治安管理处罚。
刑事案件中的行政违法行为：
- 在刑事案件中发现的行政违法行为，如果该行为同时构成违反治安管理行为，且未超过上述六个月时效的，公安机关可以依法给予治安管理处罚。
- 如果该行为已超过六个月时效，但构成犯罪的，则不受治安管理处罚时效的限制，公安机关可以依法追究其刑事责任。
特殊情况下的时效延长：
- 在某些特殊情况下，如违法行为处于连续或继续状态，时效的计算可能从行为终了之日起计算，这可能导致实际可处罚的期限延长。
- 另外，如果违法行为在六个月内被公安机关发现，但因各种原因（如证据不足、嫌疑人逃匿等）未能及时处罚，后续在补充证据或抓获嫌疑人后，仍可依法给予处罚。
行动建议：
- 对于已超过六个月时效的违反治安管理行为：如果确认该行为仅构成违反治安管理，且已超过六个月时效，则公安机关一般不再给予治安管理处罚。但建议仍向公安机关报告，以便其记录并可能作为其他案件的参考。
- 对于可能构成犯罪的行为：无论是否超过六个月时效，都应立即向公安机关报案，由公安机关依法进行调查处理。如果构成犯罪，将依法追究刑事责任，不受治安管理处罚时效的限制。
后续思考依据：
- 在处理此类问题时，需仔细分析行政违法行为的性质、发生时间以及是否构成犯罪等因素，以准确判断是否已过处罚时效。
- 同时，应关注相关法律法规的更新和变化，以确保对时效问题的判断准确无误。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。