针对您提出的“公安机关办理刑事案件中发现有行政违法行为办案期限如何计算”的问题，这确实是一个涉及法律程序和办案期限的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和程序规定，为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，公安机关在办理刑事案件过程中，如果同时发现了行政违法行为，这两种案件的处理程序和期限是有所不同的。刑事案件主要依据《刑事诉讼法》等相关法律进行办理，而行政案件则主要依据《公安机关办理行政案件程序规定》等行政法规进行办理。
一、刑事案件与行政案件的区分处理
刑事案件：公安机关在办理刑事案件时，会严格按照《刑事诉讼法》规定的程序进行，包括立案、侦查、起诉等阶段。每个阶段都有明确的期限要求，以确保案件的及时、公正处理。
行政案件：当公安机关在办理刑事案件过程中发现行政违法行为时，如果该行政违法行为与刑事案件无直接关联，或者虽然有关联但可以独立处理，那么公安机关会按照《公安机关办理行政案件程序规定》等行政法规来处理该行政案件。
二、行政案件的办案期限
对于行政案件的办案期限，主要依据《公安机关办理行政案件程序规定》来确定：
一般期限：公安机关在办理治安案件时，应确保自受理之日起三十日内办结。若案情重大、复杂，需延长办案期限的，必须经上一级公安机关批准，且延长期限不得超过三十日。对于其他类型的行政案件，若有法定办案期限，则应按照相关法律规定执行。
鉴定期间的特殊处理：在案件办理过程中，若需进行专业鉴定以查明案情（如涉案物品价格鉴定、伤情鉴定等），该鉴定期间不计入办案期限。这意味着，进行鉴定的时间不会影响原定的办案进度要求。
三、刑事案件中发现行政违法行为的特殊处理
当公安机关在办理刑事案件过程中发现行政违法行为时，如果决定对该行政违法行为进行独立处理，那么会按照上述行政案件的办案期限来执行。但需要注意的是，由于刑事案件和行政案件在性质、目的和程序上存在差异，因此在实际操作中可能会存在一些特殊情况。例如：
如果行政违法行为与刑事案件紧密相关，且需要作为刑事案件的证据或情节来考虑，那么公安机关可能会在刑事案件的侦查过程中一并处理该行政违法行为，此时办案期限可能会受到刑事案件侦查期限的影响。
如果行政违法行为相对独立，且不影响刑事案件的侦查和起诉，那么公安机关可能会先处理刑事案件，待刑事案件处理完毕后再处理行政违法行为，或者同时并行处理但分别计算办案期限。
四、建议与总结
建议：对于涉及刑事案件和行政违法行为的复杂情况，建议公安机关在办理过程中加强内部协调和沟通，确保两种案件的处理既符合法律程序要求，又能高效、公正地维护当事人的合法权益。
总结：公安机关在办理刑事案件中发现有行政违法行为时，会根据案件的具体情况和相关法律法规来分别处理刑事案件和行政案件。对于行政案件的办案期限，主要依据《公安机关办理行政案件程序规定》来确定，并会考虑鉴定期间等特殊情况。在实际操作中，公安机关会根据案件的复杂性和关联性来灵活处理办案期限问题。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。