已赔偿违约金的合同，通常仍然具有法律效力，但具体需根据合同内容、违约行为性质及双方协商结果等因素综合判断。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、合同继续有效的情形

1. 合同未约定支付违约金后合同终止：

   • 若合同中未明确约定，一方支付违约金后合同即告终止，那么即使违约方支付了违约金，合同依然有效。双方需继续履行合同中除违约事项之外的其他义务。例如，在房屋买卖合同中，卖方延迟交付后支付违约金，但合同中并未规定支付违约金后合同终止，则卖方仍需按合同约定交付房屋，买方也需按约定支付房款。

2. 违约行为不影响合同根本目的实现：

   • 当违约行为未触及合同核心内容，未从根本上阻碍合同目的的达成时，合同通常仍有效。例如，在货物买卖合同中，卖方轻微延迟交货，但买方仍能获得货物，合同目的未受影响，因此合同应继续履行。

3. 双方协商一致同意继续履行：

   • 即使违约行为较为严重，若双方经协商一致决定继续履行合同，并在违约方支付违约金后，合同亦保持有效。这体现了合同当事人的意思自治原则。

二、合同可能无效、被撤销或终止的情形

1. 违约行为导致合同目的无法实现：

   • 若违约行为严重至使合同目的无法实现，即使违约方支付了违约金，守约方也有权选择解除合同，此时合同不再有效。例如，在定制软件开发合同中，若开发方未能实现合同约定的核心功能，即使支付了违约金，委托方也有权解除合同。

2. 存在法定无效或可撤销事由：

   • 若合同本身存在《中华人民共和国民法典》规定的无效或可撤销事由，如欺诈、胁迫、恶意串通等，即使违约方支付了违约金，合同也会被认定为无效或被撤销。

3. 双方协商一致解除合同：

   • 在违约方支付违约金后，双方若协商一致决定解除合同，则合同关系终止，不再具有法律效力。

三、赔偿违约金与合同效力的关系

• 赔偿违约金是违约后的补救措施：它独立于合同的履行行为之外，违约金的支付并不改变合同本身的效力状态。支付违约金是对违约行为的补偿，而非合同效力的决定因素。

• 合同义务的继续履行：如果合同中有关于迟延履行的约定，违约方在支付违约金后，通常还需继续履行合同义务，除非双方另有约定或合同已无法继续履行。例如，在租赁合同中，承租人逾期支付租金并支付违约金后，仍需按约定支付后续租金并遵守其他合同条款。

四、法律建议

• 仔细审查合同内容：在签订合同时，应明确约定违约责任及合同终止的条件，以避免后续纠纷。
• 及时沟通协商：在发生违约行为后，双方应及时沟通协商，寻求解决方案，以维护合同关系的稳定。
• 寻求法律帮助：若对合同效力或违约责任有疑问，建议直接向我咨询，以便获得更准确的法律解答和帮助。

综上所述，已赔偿违约金的合同是否仍具有法律效力，需根据具体情况判断。在处理此类问题时，应仔细审查合同内容和相关法律规定，以确保准确判断合同的效力及后续处理方式。