结论前置：合同因违反法律强制性规定而无效时，其中的违约赔偿金条款通常也是无效的。但在特定情形下，如该条款被认定为解决争议方法的条款或结算和清理条款，可能具有一定独立性，不受合同无效的影响，不过这种情况在司法实践中较为罕见，需由法院根据具体情况判断。
一、无效合同中违约赔偿金条款的通常情况
违约赔偿金条款的依附性：
- 违约赔偿金条款作为合同的一部分，其存在和效力均依赖于合同的有效成立。如果合同因违反法律强制性规定、违背公序良俗或其他法定原因被认定为无效，那么整个合同自始没有法律约束力。作为合同组成部分的违约赔偿金条款，也随之失去法律效力，不能作为要求承担违约责任的依据。
- 实例说明：例如，甲和乙签订了一份买卖国家禁止流通物品的合同，该合同因违反法律强制性规定而无效。合同中约定的违约赔偿金条款也因此无效，任何一方都不能依据此条款要求对方支付违约赔偿金。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十五条的规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着，合同无效后，其中的所有条款，包括违约赔偿金条款，都自始不发生法律效力。
二、特殊情形下的独立性
解决争议方法条款的独立性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。解决争议方法的条款通常包括仲裁条款、选择受诉法院的条款、选择检验、鉴定机构的条款以及法律适用条款等。
- 独立性界定与司法实践：一般的违约赔偿金条款很难被直接认定为解决争议方法的条款，因此其独立性需根据具体情况由法院进行判断。在司法实践中，对于违约赔偿金条款是否构成解决争议方法的条款，法院会进行严格的审查。只有当违约赔偿金条款确实具有解决争议方法的性质，且独立于合同其他内容时，才可能被视为具有独立性，不受合同无效的影响。
结算和清理条款的参照适用：
- 根据《民法典》第五百六十七条的规定，合同的权利义务关系终止，不影响合同中结算和清理条款的效力。这意味着，在某些特殊情况下，即便合同整体无效，但其中的违约赔偿金条款如果属于结算和清理条款，仍然可以参照适用。
- 实例分析：在建设工程施工合同纠纷中，如果合同因承包人未取得建筑施工企业资质等原因被认定无效，但合同中约定了工程验收不合格时的违约赔偿金条款，该条款可以被视为对工程质量问题的一种结算和清理方式。在处理相关纠纷时，法院可能会参照该条款来确定违约赔偿金的数额，但并非完全按照合同约定的数额执行，而是会根据具体情况进行调整。
三、合同无效后的法律后果与处理建议
财产返还与折价补偿：
- 如果合同被认定为无效，当事人因该合同取得的财产应当予以返还。不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
损失赔偿：
- 有过错的一方还应当赔偿对方由此所受到的损失。双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。在合同无效的情况下，如果一方因合同无效而遭受了损失，可以根据过错原则要求对方进行赔偿。但这种赔偿并非基于违约赔偿金条款，而是基于实际损失和过错程度。
处理建议：
- 在签订合同前，应仔细审查合同条款的合法性和有效性，确保合同的整体效力和可执行性。对于违约赔偿金条款的设置，应谨慎合理，既要考虑到对违约行为的惩罚性，也要确保其符合法律法规的要求。
- 如果合同因违反法律强制性规定而无效，应及时与对方协商处理合同无效后的相关事宜，包括财产返还、折价补偿和损失赔偿等。如果协商不成，可以寻求法律途径解决纠纷。
综上所述，合同因违反法律强制性规定而无效时，其中的违约赔偿金条款通常也是无效的。但在特定情形下，如该条款被认定为解决争议方法的条款或结算和清理条款，可能具有一定独立性。在处理相关纠纷时，应综合考虑法律规定、合同条款的具体内容及司法实践，以准确判断违约赔偿金条款的效力及法律后果。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。