如果在卷宗里发现新证据，应当根据案件所处的不同阶段，采取相应的处理措施。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
一、案件处于侦查阶段
及时与侦查机关沟通：
- 在侦查阶段，如果发现新证据，应当第一时间与负责案件的侦查机关（如公安局）取得联系，并提交新证据。
- 新证据可能对案件的定性、犯罪嫌疑人的罪责大小等产生重大影响，因此及时提交至关重要。
配合侦查机关调查：
- 提交新证据后，应积极配合侦查机关的调查工作，如提供必要的解释、说明或协助进行证据的收集、固定等。
二、案件处于审查起诉阶段
向检察机关提交新证据：
- 在审查起诉阶段，如果发现新证据，应当向负责案件的检察机关（如检察院）提交。
- 检察机关会根据新证据对案件进行重新审查，并可能决定是否对犯罪嫌疑人提起公诉或变更起诉内容。
关注检察机关的审查意见：
- 提交新证据后，应密切关注检察机关的审查意见，了解新证据是否被采纳以及案件的可能走向。
三、案件处于审判阶段
向法院提交新证据并申请延期审理或重新开庭：
- 在审判阶段，如果发现新证据，应当立即向法院提交，并申请延期审理或重新开庭，以便法院能够充分考虑新证据对案件的影响。
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，当事人及其辩护人、诉讼代理人有权申请通知新的证人到庭，调取新的物证，申请重新鉴定或者勘验等，以获取新的证据。
准备充分的证据说明和辩论意见：
- 在提交新证据的同时，应准备充分的证据说明和辩论意见，以阐述新证据对案件的重要性及其可能产生的法律后果。
- 这有助于法院更全面地了解案件事实，作出公正的判决。
四、特殊情况处理
新证据可能影响案件定性或量刑：
- 如果新证据可能对案件的定性或量刑产生重大影响，如证明犯罪嫌疑人无罪、罪轻或应当减轻、免除处罚等，应特别强调其重要性，并请求法院予以充分考虑。
新证据的合法性和关联性审查：
- 在提交新证据时，应注意审查其合法性和关联性。只有合法、关联的证据才能被法院采纳并作为定案的依据。
- 如果新证据存在合法性或关联性问题，应及时与法院沟通并寻求解决方案。
在实际操作中，如果发现卷宗里有新证据，一定要根据案件所处的阶段和具体情况，采取相应的处理措施。同时，建议咨询专业律师（即向我本人咨询，我专注于刑事辩护等多个领域），以便更准确地把握案件走向和制定有效的辩护策略。