核心结论：在“三包工程中二包跑了”的情况下，您可依据合同约定和法律规定，通过与总包方协商、向相关部门投诉或提起诉讼等途径来维护自身权益。以下是具体分析：

1. 审查合同条款：

   • 首先，您需要仔细审查与总包方签订的合同，特别是关于分包、违约责任、争议解决等方面的条款。合同中可能已对分包方（即二包）违约或逃逸的情况作出了约定，如总包方需承担的责任、赔偿方式等。
   • 如果合同中有明确约定，您应依据合同条款向总包方主张权利，要求其按照合同约定履行义务或承担赔偿责任。

2. 与总包方协商：

   • 在发现二包逃跑后，您应及时与总包方取得联系，说明情况，并要求总包方采取措施解决问题。
   • 协商过程中，您可以提出合理的诉求，如要求总包方继续履行合同、支付已完成工程的款项、赔偿因二包逃跑造成的损失等。

3. 向相关部门投诉：

   • 如果协商无果，您可以向当地的建设行政主管部门或相关行业协会投诉，反映二包逃跑的情况，并要求相关部门介入调查处理。
   • 相关部门可能会对总包方进行处罚，并协调解决您与总包方之间的纠纷。

4. 提起诉讼或仲裁：

   • 如果上述途径均无法解决问题，您可以考虑通过法律途径维护自身权益。根据合同中的争议解决条款，您可以选择向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
   • 在诉讼或仲裁过程中，您需要提供充分的证据证明二包逃跑的事实、您因此遭受的损失以及总包方应承担的责任等。

5. 采取措施防止损失扩大：

   • 在处理二包逃跑问题的过程中，您还应采取措施防止损失进一步扩大。例如，及时接管二包未完成的工程，组织人员继续施工，确保工程进度不受影响；对已完成的工程进行质量检查，确保工程质量符合要求等。

额外建议：

• 在未来的工程承包中，建议您加强对分包方的资质审查和信用评估，选择信誉良好、实力雄厚的分包方进行合作。
• 在合同中明确约定分包方的违约责任和赔偿方式，以便在出现问题时能够迅速有效地维护自身权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。