结论前置：农民工在不同工地重复刷实名制考勤卡是否会带来麻烦，需分情况讨论，具体如下：

1. 若两个工地属于同一用人单位或存在合法劳务派遣关系
   根据《保障农民工工资支付条例》第十八条，用人单位需对农民工进行实名制管理，并建立考勤记录作为工资核算依据。若两个工地属于同一总包单位或存在合法劳务派遣协议，且考勤系统已实现数据互通，重复刷卡可能被系统识别为异常操作（如跨项目考勤），但通常不会直接导致法律风险。不过，若因此导致工资核算错误（如重复计算工时），农民工有权依据《条例》第十九条要求用人单位核对并更正，用人单位拒不改正的，可向当地劳动监察部门投诉。

2. 若两个工地属于不同用人单位且无合法关联
   若农民工在未与原工地解除劳动关系的情况下，擅自到另一工地刷卡考勤，可能涉及以下法律风险：

   • 劳动关系冲突：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位工作任务造成严重影响，或经用人单位提出拒不改正的，用人单位可解除劳动合同且无需支付经济补偿。若原工地因此解除合同，农民工可能面临失业风险。
     
   • 工资纠纷：若两个工地均将刷卡记录作为工资发放依据，可能导致工资重复计算或漏算。此时农民工需依据《条例》第三十一条，提供实际工作证据（如工作记录、同事证言等）主张权利，若无法证明，可能承担不利后果。
     
   • 行政处罚风险：若农民工通过伪造考勤记录骗取工资，可能涉嫌《治安管理处罚法》第四十九条的诈骗行为，情节严重的可处五日以上十日以下拘留；若数额较大，还可能触犯《刑法》第二百六十六条的诈骗罪。

3. 特殊情形：工地间存在临时借调或共享用工
   若两个工地属于同一集团或存在共享用工协议，且农民工已与原用人单位签订书面借调协议，明确工资支付、考勤管理等事项，则重复刷卡通常属于正常操作，不会引发法律问题。但需注意，借调期间农民工仍与原用人单位保持劳动关系，若新工地未按协议支付工资，原用人单位仍需承担连带责任。

建议：

• 操作前确认两个工地的劳动关系状态，若需变更，应先与原用人单位解除合同并办理离职手续；
  
• 保留实际工作证据（如工作照片、签到表、工资条等），避免单纯依赖考勤记录；
  
• 若发现工资核算异常，及时与用人单位沟通，沟通无果可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体细节为您详细分析。