关于“员工承包门店后，剩下的员工在里面上班是否合法”的问题，这主要取决于承包行为的性质以及员工与原用人单位或承包方之间的劳动关系状态。以下是从不同角度的详细分析：

1. 承包行为的性质：

   • 如果承包行为是内部承包，即原用人单位将门店的经营权或管理权部分或全部转让给内部员工或员工组成的团队，但并未改变原用人单位与员工之间的劳动关系，那么员工继续在门店上班是合法的。这种情况下，员工仍然受原劳动合同的约束，享受原劳动合同规定的权益。
   • 如果承包行为是外部承包，即原用人单位将门店的经营权或管理权转让给外部第三方（如其他公司或个人），那么员工与原用人单位的劳动关系可能面临变更或终止。此时，员工是否继续在门店上班，以及上班的合法性，将取决于员工与新承包方之间是否建立了新的劳动关系，或者是否与原用人单位协商一致并办理了相关手续。

2. 员工与原用人单位或承包方的劳动关系状态：

   • 如果员工与原用人单位的劳动关系仍然存续，且承包行为并未改变这一关系，那么员工继续在门店上班是合法的。员工应继续履行原劳动合同规定的义务，并享受相应的权益。
   • 如果员工与原用人单位的劳动关系因承包行为而终止，且员工未与新承包方建立新的劳动关系，那么员工继续在门店上班可能缺乏法律依据。此时，员工应与原用人单位或新承包方协商解决工作安排和权益保障问题。
   • 如果员工与新承包方建立了新的劳动关系，那么员工在门店上班是合法的，但应受新劳动合同的约束。员工应了解并遵守新劳动合同的规定，确保自己的权益得到保障。

3. 法律建议：

   • 对于员工而言，在承包行为发生后，应首先明确自己与原用人单位或新承包方之间的劳动关系状态。如果劳动关系发生变化，应及时与相关方协商并办理相关手续，以确保自己的权益不受损害。
   • 如果员工对承包行为或劳动关系状态存在疑问或争议，可以向当地劳动行政部门或劳动争议调解委员会寻求帮助和咨询。这些机构可以提供专业的法律意见和调解服务，帮助员工解决劳动纠纷。
   • 在任何情况下，员工都应保留好与劳动关系相关的证据和文件，如劳动合同、工资单、工作证明等。这些证据和文件在解决劳动纠纷时可能起到关键作用。

总结来说，员工承包门店后，剩下的员工在里面上班是否合法，取决于承包行为的性质以及员工与原用人单位或承包方之间的劳动关系状态。员工应明确自己的劳动关系状态，并与相关方协商解决工作安排和权益保障问题。如有疑问或争议，可以向当地劳动行政部门或劳动争议调解委员会寻求帮助和咨询。