劳动合同中确实可以约定工资包含加班工资，但这种约定必须符合法律法规的要求，且存在诸多限制和风险。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 第四十四条明确规定了加班工资的支付标准，即延长工作时间、休息日工作又不能安排补休、法定休假日工作，应分别支付不低于工资的百分之一百五十、百分之二百、百分之三百的工资报酬。这表明，加班工资是劳动者超出正常工作时间提供劳动所应获得的额外报酬，具有法定性。
地方性规定（以广东省为例）：
- 《广东省高级人民法院、广东省劳动争议仲裁委员会关于适用〈劳动争议调解仲裁法〉、〈劳动合同法〉若干问题的指导意见》第二十七条规定，用人单位与劳动者虽然未书面约定实际支付的工资是否包含加班工资，但用人单位有证据证明已支付的工资包含正常工作时间工资和加班工资的，可以认定用人单位已支付的工资包含加班工资。但折算后的正常工作时间工资低于当地最低工资标准的除外。这一规定为劳动合同中约定工资包含加班工资提供了一定的法律依据，但同时也设置了严格的限制条件。
二、约定工资包含加班工资的限制和风险
法律风险：
- 如果约定的月工资标准过低，导致在扣除加班工资后，劳动者的正常工作时间工资低于当地最低工资标准，这种约定将被视为无效。因为最低工资标准是劳动者在正常工作时间内提供劳动所应获得的最低报酬，任何低于这一标准的约定都违反了法律法规的强制性规定。
- 用人单位可能因未依法支付加班工资而面临劳动行政部门的处罚，包括责令限期支付、加付赔偿金等。这不仅会给用人单位带来经济损失，还会影响其声誉和劳动关系。
操作难度：
- 准确计算加班工资需要详细记录劳动者的工作时间和加班情况，这对用人单位的管理水平提出了较高要求。如果用人单位无法提供准确的考勤记录，将难以证明已支付的工资中包含加班工资以及加班工资的计算依据。
- 一旦发生争议，用人单位需要承担举证责任，证明已支付的工资中包含加班工资以及加班工资的计算方法和标准。如果用人单位无法提供充分的证据，将可能面临败诉的风险。
对劳动者的影响：
- 可能导致劳动者在正常工作时间内的劳动报酬降低，影响其生活质量和积极性。因为加班工资是劳动者超出正常工作时间提供劳动所应获得的额外报酬，如果将其包含在月工资中，可能会降低劳动者在正常工作时间内的劳动报酬。
- 在加班较多的情况下，劳动者可能无法获得足够的加班补偿，损害其合法权益。因为加班工资的计算基数和支付标准都是法定的，如果用人单位通过约定工资包含加班工资来降低加班补偿，将违反法律法规的规定。
三、建议
明确约定：
- 如果用人单位确实希望采用月工资包含加班工资的方式，应在劳动合同中明确约定，并详细说明加班工资的计算方法和标准。这有助于避免产生歧义和争议，保障劳动者的合法权益。
合理确定工资标准：
- 确保约定的月工资标准在扣除可能的加班工资后，仍不低于当地最低工资标准。这是保障劳动者基本生活需求的重要措施，也是遵守法律法规的强制性要求。
加强管理和记录：
- 建立完善的工作时间和加班记录制度，确保能够准确计算加班工资。这有助于用人单位在发生争议时提供充分的证据，证明已支付的工资中包含加班工资以及加班工资的计算方法和标准。
遵守法律法规：
- 严格遵守相关法律法规的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。任何违反法律法规的约定都将被视为无效，并可能面临法律制裁。
综上所述，劳动合同中可以约定工资包含加班工资，但必须符合法律法规的要求，并设置严格的限制条件。用人单位在采用这种方式时，应谨慎考虑其法律风险和操作难度，并采取相应的措施来保障劳动者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。