双方协商终止政府采购合同，并不直接等同于擅自解除，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下是对此问题的详细分析：
一、政府采购合同的法律性质与解除原则
政府采购合同，作为政府采购活动的重要法律文件，一旦签订即具有法律效力，受到法律的严格保护。根据《中华人民共和国政府采购法》第五十条的规定，政府采购合同的双方当事人不得擅自变更、中止或者终止合同。这一规定强调了政府采购合同的稳定性和严肃性，旨在维护公共利益、保障公平竞争以及确保合同的稳定性和可预期性。
二、协商终止合同的合法性分析
协商一致原则：虽然法律禁止擅自变更、中止或终止合同，但并未完全排除双方通过协商一致来终止合同的可能性。在符合法律法规的前提下，如果双方能够就终止合同达成一致意见，并签订书面的终止协议，那么这种终止行为是合法的。
法定解除条件：除了协商一致外，政府采购合同还可以在满足法定解除条件时被终止。这些条件包括但不限于不可抗力导致合同无法履行、一方明确拒绝履行主要债务、迟延履行主要债务经催告后仍未履行、以及其他违约行为致使合同目的不能实现等。当这些法定条件成就时，当事人有权依法解除合同。
特定情形下的解除：如果政府采购合同的继续履行将损害国家利益和社会公共利益，那么双方当事人应当变更、中止或者终止合同。这种情况下，终止合同是出于公共利益的考虑，具有合法性。
三、协商终止合同的程序与要求
书面协议：如果双方决定通过协商一致来终止合同，那么必须签订书面的终止协议。该协议应明确终止合同的原因、时间、方式以及双方的权利义务等事项。
合规审查：终止协议的内容必须符合政府采购法律法规的规定，不得违反相关强制性规定或损害国家利益、社会公共利益。
审批或备案：根据具体情况，终止协议可能需要经过相关部门的批准或重新进行采购程序。此外，根据规定，终止协议还可能需要报政府采购监督管理部门备案，以确保终止的合法性和透明度。
四、法律后果与责任承担
合同解除后的法律后果：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同解除后，尚未履行的部分终止履行；已经履行的部分，根据履行情况和合同性质，当事人可以请求恢复原状或者采取其他补救措施，并有权请求赔偿损失。
责任承担：如果因解除合同给对方造成损失的，除不可抗力等法定免责情形外，有过错的一方应承担赔偿责任。如果双方都有过错，则各自承担相应的责任。
五、实践建议
谨慎处理合同终止事宜：在签订政府采购合同前，双方应仔细审查合同条款，确保内容准确无误，避免后续不必要的纠纷。在合同履行过程中，应严格遵守合同约定，如遇特殊情况需终止合同，务必按照法定程序操作。
充分沟通协商：在决定终止合同前，双方应充分沟通协商，明确终止的理由和法律依据，并尽量通过协商的方式达成一致意见。这有助于减少纠纷和冲突，维护双方的合法权益。
及时寻求法律援助：如果协商无果或遇到复杂的法律问题，建议及时寻求专业律师的法律援助。律师可以提供专业的法律意见和帮助，确保合同的终止符合法律法规的要求。
综上所述，双方协商终止政府采购合同并不直接等同于擅自解除，但需满足一定条件并遵循法定程序。在实际操作中，双方应谨慎处理合同终止事宜，确保终止行为的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。