结论：迟到一次扣50元以及迟到5分钟当旷工的处理方式是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的合法性
规章制度制定程序：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度未经上述程序制定，或未公示、未告知劳动者，则该规章制度可能不具备法律效力，以此为依据的处罚措施也可能被视为无效。
规章制度内容合法性：
- 规章制度中的处罚措施应当合理，不得违反法律法规的强制性规定，也不得显失公平。例如，迟到一次扣50元，若该金额明显过高，可能被视为不合理。
- 迟到5分钟即视为旷工的规定，同样需要评估其合理性。旷工通常指无正当理由未到岗工作，迟到5分钟是否构成旷工，需结合公司实际情况、行业惯例以及劳动者迟到的原因等因素进行综合判断。
二、具体处罚措施的合理性分析
迟到一次扣50元：
- 合理性评估：需考虑该金额是否与公司规模、行业水平、劳动者收入水平等因素相匹配。若50元对于劳动者而言负担较重，且公司未提供合理的解释或依据，则该处罚措施可能被视为不合理。
- 法律依据：若公司规章制度合法有效，且处罚措施合理，则公司有权依据规章制度对劳动者进行处罚。但处罚措施不得违反法律法规的强制性规定，如不得低于最低工资标准、不得侵犯劳动者合法权益等。
迟到5分钟当旷工：
- 合理性评估：旷工通常指无正当理由未到岗工作，且时间较长。迟到5分钟是否构成旷工，需结合公司实际情况进行判断。若公司规章制度中明确规定了迟到达到一定时间即视为旷工，且该规定合法有效，则公司有权依据规定进行处理。但若该规定显失公平或未经过合法程序制定，则可能被视为无效。
- 法律后果：若公司以旷工为由对劳动者进行处罚，如扣除工资、解除劳动合同等，需确保处罚措施合法合理，且符合公司规章制度和劳动合同的约定。否则，劳动者有权依法维护自己的合法权益。
三、劳动者权益保护与救济途径
协商与沟通：
- 劳动者在面对不合理的处罚措施时，首先可以尝试与公司进行协商和沟通，寻求合理的解决方案。
投诉与举报：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或举报公司的违法行为，要求其承担相应的法律责任。
法律诉讼：
- 作为最终救济途径，劳动者可以通过法律诉讼维护自己的合法权益。在诉讼过程中，劳动者需提供充分的证据证明公司的处罚措施不合理或违法，以支持自己的主张。
建议：公司在制定规章制度时，应确保程序的合法性和内容的合理性，以维护劳动者的合法权益和公司的正常运营秩序。同时，劳动者在面对不合理的处罚措施时，也应积极维护自己的合法权益，通过合法途径寻求解决方案。若您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。